Особое внимание исследователи уделяли настенным граффити (надписям, рисункам) как материалу, содержащему информацию, важную для определения времени существования пещерного комплекса. Было выявлено семь надписей (три из них ранее неизвестные), шесть изображений крестов, сложное (геральдическое) изображение и следы практически стёртых надписей. Все они сконцентрированы на так называемой Алтарной улице, в районе пещерной церкви. Надписи с именем игумена Климента, опубликованные И.М. Каманиным, скорее всего, датируются XII–XIV вв. Разнообразный археологический материал, полученный во время раскопок, был тщательно изучен, что позволило исследователям назвать пещерный комплекс на Зверинце монастырским кладбищем ХII–XVII вв., принадлежащим Зверинецкой обители. О её существовании свидетельствуют надписи на стенах пещер, среди которых и синодик зверинецких игуменов. В состав исследовательской группы вошли студенты Национального медицинского университета имени Александра Александровича Богомольца Р.Л. Новакович, С.В. Дудник, В.В. Столяров, которые работали под руководством профессора кафедры рентгенорадиологии Национального медицинского университета Т.В. Топчий. Объектом исследований стали 1721 целая кость и около 5 тыс. плохо сохранившихся костных фрагментов. Согласно подсчётам, в пещерах было похоронено около 200 человек. Из них 145 взрослых (в том числе пять женщин) и 53 ребёнка в возрасте до 15 лет. Средний возраст похороненных 45–55 лет. Средний рост мужчин 166,3 см. В 1997 г. насельники Ионинского Троицкого мужского монастыря устроили Зверинецкий скит, в пещерном храме стали совершаться регулярные богослужения. 26 октября 2001 г. благочинный Барышевского района Киевской области священник Михаил Макеев передал Ионинскому монастырю оклад к утраченной Зверинецкой иконе Божьей Матери (в настоящее время в окладе находится список). В апреле 2009 г. была передана Киево-Зверинецкая икона Божьей Матери «Всех скорбящих Радость» (начало ХХ в.). 22 ноября обители подарили икону Божьей Матери «Cкоропослушница» из монастыря Дохиар на Афоне. 14 апреля 2009 г. решением Священного Синода УПЦ установлено местное почитание Собора преподобных и преподобномучеников Зверинецких (празднование в пятую Неделю Великого поста). В конце 2007 г. над входом в Зверинецкие пещеры был заложен храм во имя Всех преподобных Зверинецких. Одновременно состоялась закладка церкви в честь Рождества Пресвятой Богородицы. 2 августа 2010 г. архиерейским чином было совершено освящение накупольных крестов Богородице-Рождественского храма. Работы по возведению храмов завершены к 2013 г. В куполе золотой мозаикой на синем фоне выложен крест. Купол украшают образы апостолов, великого князя Владимира и княгини Ольги, князей Игоря, Андрея Боголюбского, Александра Невского и Димитрия Донского, страстотерпцев императора Николая II и цесаревича Алексия. Группой иконописцев под руководством Александра Ивановича Микловды в традициях византийской школы ХII в. расписана церковь Всех преподобных Зверинецких. В центральной апсиде алтаря изображены Спаситель и святители Василий Великий и Иоанн Златоуст, в клиросе – Собор преподобных Зверинецких. Завершаются работы по росписи подземной церкви во имя святителя Иоасафа (Горленко) и священномученика Иоасафа (Жевахова), освящённой на цокольном этаже Богородице-Рождественского храма. Росписи выполняются также в традициях византийской школы Х–ХII вв. 9 июля 2009 г. наместником Киевского Зверинецкого монастыря назначен архимандрит Кассиан (Шостак; с 20 июля 2016 г. – епископ); в обители проживает несколько насельников.