Вскоре И.М. Каманин опубликовал доклад в виде брошюры под названием «Древние пещеры на Зверинце в Киеве» (это было первое научное исследование одного из древнейших памятников Киева). Он дал краткое описание памятника и материала, полученного во время раскопок, сообщив, что в ходе исследований были открыты две древние пещерные улицы. На одной располагались церковь (алтарь) с древними надписями на стенах, погребальные ниши (локулы) и крипты. Улица получила название «Алтарная». Вторая подземная улица, где располагались локулы с погребениями, была названа «Улица неисследованных захоронений». Первый вывод о принадлежности пещер А.Д. Эртель сделал на основании анализа открытых надписей: «...То, что именуется Зверинецким монастырем, существовало в ХI, в ХII и в XVII столетиях» (описание памятника он составил за год до окончания археологических раскопок). И.М. Каманин написал монографию спустя год, т.е. когда был получен дополнительный археологический материал. Он изучил летописные источники и археологические находки и сделал выводы, что Зверинецкие пещеры были древним пещерным монастырём во имя архангела Михаила. По мнению И.М. Каманина, монастырь возник в 988 г. и просуществовал самостоятельно до 1088 г. В 1096–1097 гг., при разорении Киева половцами, или в 1240 г., во время монголо-татарского нашествия, он был разрушен до основания. Иную точку зрения высказал профессор Николай Иванович Петров. Базируясь на исследованиях граффити, открытых на стенах пещер, а также обнаруженных на кожаных поясах тиснёных изображений и надписей, он сделал вывод, что Зверинецкие пещеры были не монастырём, а местом проживания отшельников, которое постепенно превратилось в иноческий некрополь. Пещеры, по его мнению, возникли не раньше XIV в. и просуществовали до XVIII в. (Институт рукописей Национальной библиотеки Украины имен В.В. Вишневского). До конца 1990 гг. Зверинецкие пещеры практически не изучались. В 1960х гг. в некоторых киевских пещерах были проведены небольшие разведки, после чего вышла брошюра Петра Петровича Толочко (Киев, 1968 г.), в которой автор высказал мнение о том, что пещерный комплекс на Зверинце является предшественником Выдубицкого монастыря. Погибли эти пещеры, по его предположению, во время монгольского нашествия 1240 г. Сергей Александрович Высоцкий, проведя в 1980 гг. исследования надписей Зверинецкого лабиринта, отмечал, что общий характер почерка указывает на первую половину ХIII в., а не на ХI в., как ошибочно определил И.М. Каманин. Таким образом, единого мнения по вопросу атрибуции и датировки подземного памятника на Зверинце в Киеве не существует. В 1988 г. Киевский горисполком принял решение о передаче Зверинецких пещер Музею истории Киева с целью их расчистки, исследования и музеефикации. С 1990 г. (в течение трёх сезонов) сотрудники отдела «Киев подземный» Музея истории Киева проводили археологические раскопки одновременно с ремонтно-реставрационными работами. По свидетельству Евгении Александровны Воронцовой, в начале раскопок «70% ходов были завалены грунтом. Пришлось, по сути, открывать их для науки заново». Исследователи зафиксировали в пещерах 58 погребальных ниш, семь крипт и церковь. Среди находок, обнаруженных при раскопках, – фрагменты керамической посуды (венчики, стенки, донышки) и кожаных изделий, серебряная монета 1893 г., медные монеты конца ХIХ – начала ХХ вв., остатки дерева, изделия из металла (материалы исследователи датируют древнерусским и позднесредневековым периодами – ХII–XV, XVII, а также ХIХ–ХХ вв.).