Эту идею поддержал чиновник особых поручений при Киевском, Подольском и Волынском генерал-губернаторе, коллежский асессор князь Владимир Давидович Жевахов (в монашестве Иоасаф). 1 июня 1912 г. В.Д. Жевахов подписал контракт с Киевским инженерным управлением, которому принадлежала территория, о передаче ему в аренду сроком на шесть лет участка земли в предместье Киева Зверинец для проведения раскопок. Для археологических исследований был приглашён Александр Дмитриевич Эртель, член Киевского общества охраны памятников древности и искусства и Киевского отделения Императорского российского военно-исторического общества, который имел опыт проведения археологических раскопок в Киеве и его окрестностях (Центральный государственный исторический архив Киева). 7 июня 1912 г. по благословению наместника Киево-Печерской лавры игумен Валентин переселился из монастыря в сбитый из досок курень, установленный над Зверинецкими пещерами. Слухи о древней пещере быстро распространились среди верующих. К игумену Валентину приходили паломники, монахи и послушники из разных обителей России. Постепенно образовалась община. Игумен Валентин организовал расчистку пещер, за что платил деньги из пожертвований. Таким же образом финансировались и археологические раскопки. Открытый лист (т.е. разрешение на проведение раскопок) был выдан Императорской археологической комиссией на имя князя В.Д. Жевахова как владельца земельного участка, на котором расположен подземный памятник. А.Д. Эртель получил открытый лист на раскопки на территории всего Киева и его окрестностей, а потому имел право руководить раскопками в Зверинецких пещерах. На раскопках в подземном памятнике работал С.П. Вельмин. Исследования в пещерах на Зверинце начались в августе 1912 г. с подготовительных работ, а с конца сентября приступили к расчистке и раскопкам. Было открыто два входа: древний и прорытый до начала работ для удобства входа в одну из галерей. Всего открыто три подземные галереи: две основные и соединяющая. В том же году для удобства осмотра пещер был выкопан новый ход, который соединил подземный лабиринт в кольцо (Центральный государственный исторический архив Киева). В ходе исследований было обнаружено, что усыпальницы в пещерах разграблены ещё до начала раскопок. Остались лишь разбросанные кости и несколько кожаных поясов, крестов и фрагментов керамики. На стенах пещерного лабиринта исследователи обнаружили несколько древних надписей. Первоначально материалы датировались XII–XIV вв. Раскопки посетил председатель Императорской археологической комиссии граф Алексей Александрович Бобринский. Он взял с собой в столицу некоторые предметы и снимки надписей для «определения эпохи палеографического материала». В конце 1912 г. на склоне горы, над пещерами, был построен деревянный дом на каменном фундаменте с намерением освятить здесь каменную церковь (Центральный государственный исторический архив Киева). Одновременно князь В.Д. Жевахов хлопотал о передаче участка игумену Валентину, однако оформить это юридически оказалось невозможно. К началу 1913 г. Зверинецкую общину, созданную игуменом Валентином, стали именовать скитом. Князь встретился с наместником Ионинского Троицкого монастыря архимандритом Иувеналием (Онокало), который не решился просить о приписке Зверинецких пещер к Троицкой обители (Центральный государственный исторический архив Киева). После отъезда князя было решено, что если скит будет официально создан, то уместно передать пещеры Киево-Печерской лавре, у которой достаточно средств для окончания работ, связанных с раскопками и со строительством.