В решении духовной консистории записано, что «передачу означенных пещер консистория считает возможной осуществить лишь тогда, когда закончатся раскопки и когда будет должным образом разделён весь простор земли, где размещены пещеры, которые принадлежат теперь инженерному военному ведомству» (Центральный государственный исторический архив Киева). В ноябре 1913 г. митрополит Флавиан (Городецкий) получил от киевского генерал-губернатора письмо с просьбой об освящении церкви на Зверинце. Под церковью подразумевался деревянный дом, построенный на склоне над пещерами. В резолюции на это письмо митрополит поручал преосвященному Никодиму «22 ноября 1913 года... осуществить освящение храма, с зачислением его и пещер к Киево-Печерской лавре, которые ей должны быть переданы (формальным порядком), хотя бы временно и на арендных правах, чтобы лавра была там полноправным и единственным хозяином» (Центральный государственный исторический архив Киева). 1 декабря 1913 г. епископ Чигиринский Никодит (Кротков) освятил церковь в честь Рождества Пресвятой Богородицы (Центральный государственный исторический архив Киева). В марте 1914 г. был освящён придел во имя Иоасафа Белгородского. В феврале 1914 г. в письме киевскому генерал-губернатору император Николай II выразил благодарность всем работникам «Зверинецкого дела», наградив их иконой Спаса Вседержителя и напрестольным крестом. Царские дары были размещены в Успенском соборе Киево-Печерской лавры, а 23 апреля 1914 г. перенесены в церковь в честь Рождества Пресвятой Богородицы. Весной 1915 г. князь В.Д. Жевахов обратился в Киевскую духовную консисторию с просьбой разрешить именовать образ Богородицы, обнаруженный в пещере, Зверинецкой иконой Божьей Матери. В июне был получен ответ: «Духовная Консистория сообщает, что указом Синода от 24 апреля за №5333 вследствие прошения позволяет именовать изображение Божией Матери Зверинецкою иконою Божьей Матери». После полученного разрешения икону на металлической пластине украсили дорогим обрамлением и укрепили над царскими вратами иконостаса церкви Рождества Пресвятой Богородицы. От иконы были зафиксированы чудеса (Центральный государственный исторический архив Киева). В 1934 г., после разорения скита и уничтожения храма, икона исчезла. Весной-летом 1915 г. проводилось укрепление стен лабиринта: наиболее опасные участки (так называемую Алтарную улицу) укрепили кирпичом, менее опасные – деревом (Центральный государственный исторический архив Киева). Пещеры функционировали до 1930 гг. В 1934 г. вышло Постановление Киевского городского Совета рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов «О закрытии греко-униатского костёла и Зверинецкой церкви» (Государственный архив города Киева. Исследователи полагают, что в конце 1930 гг. был взорван храм на Зверинце. С 25 сентября 1943 г., в период оккупации Киева, район Зверинца объявили запрещённой для проживания зоной. Жители покинули свои дома; некоторые днём прятались в пещерах, а ночью возвращались домой. Первые описания и попытки атрибутировать и датировать подземный памятник принадлежат руководителю раскопок 1912–1913 гг. А.Д. Эртелю и историку Ивану Михайловичу Каманину. 19 января 1913 г. А.Д. Эртель выступил на заседании Киевского общества охраны памятников старины и искусств с докладом о результатах археологических исследований, проведённых с августа 1912 г. по январь 1913 г.