На Керженце старообрядцы неоднократно созывали Соборы. В 1703 г. состоялся Собор поповцев, на котором присутствовали делегаты «от различных стран Сибирския земли, и от Чернаго моря, и донских степей, и от различных градов». Собор утвердил послание к беспоповцам различных регионов страны с осуждением их позиции. В 1710 г. на Керженце состоялся ещё один Собор, осудивший деятельность беспоповцев и отправивший послание к ним «во Псков с уездами, в Новгород и за границу». Споры между нижегородскими поповцами и беспоповцами нередко перерастали в столкновения, при этом в трудные времена старообрядцы Керженца объединяли свои усилия для сопротивления властям. Примером такой солидарности может служить факт помощи беспоповцев-выговцев поповцам-дьяконовцам в составлении «Дьяконовых ответов». Исследователям известны случаи, когда беспоповцы отдавали своих детей «в научение» в скиты поповцев. Так, например, поступил нижегородский обер-ландрихтер С. Нестеров, тайный беспоповец, отправивший пасынка учиться в скит к поповцам-онуфриевцам, к которым он и его жена неоднократно «в келью приезжали». Для Керженца также был характерен смешанный тип поселений поповцев и беспоповцев. К началу XVIII в. в Заволжье находилось 94 старообрядческих скита. С этого времени Керженец стал районом концентрации беглых крестьян. В ходе переписи 1720 г. выяснилось, что многие волости этого региона были почти полностью заселены беглыми, в частности, в Керженской и Хохломской волостях «явились все пришлые». Массовое бегство крестьян на Керженец объяснялось недовольством населения из-за тяжёлых налогов и реформ. В 1713 г. Л. Баторов свидетельствовал, что многие «всякого чину люди, сходцы с Москвы и с разных других городов» бегут на Керженец «от брадобрития». В ходе переписи старообрядцев в 1719–1720 гг. в нижегородском Заволжье был зафиксирован 3591 «келейный житель», среди них 1500 беспоповцев, 1275 софонтиевцев, 607 онуфриевцев и 209 дьяконовцев. Вследствие гонений на старообрядцев со стороны Питирима (Потёмкина; Нижегородский епископ в 1719–1738 гг.) в 1710 гг. большинство скитов на Керженце было разорено. В 1720 г. был казнён диакон Александр, Онуфрий около 1719 г. ушёл на Белое море, Иона Белбажский был заключён в монастырь, Сергий (Крашенинников) скрылся в Сибири. Старообрядцы бежали с Керженца на Север, Урал, Ветку и в Стародубье. В результате переселения староверов с Керженца на Урал и в Сибирь (под защиту привилегий, полученных в 1702 г. Демидовыми для развития металлургии) было положено начало поповскому направлению в старообрядчестве Сибири, которое со временем превратилось в крупнейшее часовенное согласие. Разгрому Керженца предшествовала письменная полемика: на вопросы Питирима керженские старообрядцы по требованию последнего подали «Дьяконовы ответы» (написанные на Выге беспоповцами Семёном и Андреем Денисовыми). В ответ епископ Питирим издал в 1721 г. «Пращицу противу вопросов раскольнических». В 1740 гг. часть тайных старообрядческих поселений на Керженце была возрождена. Епископ Димитрий (Сеченов) в 1743 г. сообщил в Синод о наличии в Заволжье более 50 скитов, в которых жил 791 человек (Российский государственный исторический архив). В 1755 г. общее число скитников в Балахнинском и Юрьевецком уездах, записанных в платёж, достигло 1339 человек (251 мужчина и 1088 женщин). В 1760 г. власти вновь зафиксировали увеличение численности скитских жителей на Керженце (Российский государственный исторический архив).