Споры и разделения среди керженских поповцев в первой четверти XVIII в. не прекращались. Софонтиевцы и дьяконовцы, согласно выступавшие против догматических построений Аввакума, разошлись между собой в вопросе о чине приёма в старообрядчество священников из православной церкви («беглых попов»): первые принимали через миропомазание (вторым чином), вторые – через отречение от ересей (третьим чином). В 1708–1710 гг. в керженских скитах состоялось несколько шумных Соборов, на которых обсуждались мнения дьяконовцев о спасительности четырёхконечного креста и о способе каждения. Для разрешения споров керженские старцы послали несколько писем и делегацию на Ветку, где взгляды дьяконовцев были признаны ошибочными. В послании на Керженец с Ветки Феодосий (Ворыпин) рекомендовал враждующим сторонам терпимее относиться друг к другу и не раздувать ссор, вызывающих «смех и укорение» противников «старой веры». Заволжские скитники понимали, что на Керженце «не благо чинится – многие раздоры, и свары, и разделения единоверно живущих». На Керженце также были скиты беспоповцев. На их формирование большое влияние оказало учение монаха Капитона и его последователей, проповедовавших между Шуей и Вязниками – на территории, непосредственно примыкавшей к нижегородскому Поволжью. Проводившиеся в 1664 г. на Керженце «сыски» выявили несколько тайных поселений «капитонов». В начале XVIII в. на Керженце образовался беспоповский толк «кузьминщина» (как полагают исследователи, связанный с капитоновщиной), лидером которого являлся «мужик-неук» Кузьма Андреев. Он и его последователи «вместо исповеди на всяк день друг от друга получали прощение», считая, что «никто души своей не спасет, аще не придет к ним». По мнению П.С. Смирнова, это учение было началом Спасова согласия (нетовщины), существовавшего на Керженце. Последователи учения Кузьмы Андреева жили на Керженце в 1740 гг.: скит «Кузьмина толку», в котором числилось 30 человек, находился «под Барминским починком в лесу, против села Фокина» (Центральный архив Нижегородской области). Скит нетовцев располагался также «под деревнею в Оленевом починке» (Центральный архив Нижегородской области). Среди лидеров беспоповцев на Керженце в начале XVIII в. исследователи выделяют «начального старца» Макария, «отцов» Иакова, Никифора, Елисея, Емельяна, а также Семёна Еремеева, Ивана Михайлова Чуплова, Максима Иванова, Ермолая Федотова, Василия Яковлева. Исследователям известен «учитель» беспоповцев Меркурий Григорьев, проживавший в это время в Заузольской волости на реке Линде («Полное собрание постановлений и распоряжений по Ведомству православного исповедания Российской империи», том 4). В документах упоминается «начальная старица» беспоповцев Анфиса Большая (Центральный архив Нижегородской области). По итогам переписей первой четверти XVIII в. исследователям известно, что в 1718 г. в Заволжье насчитывалось 222 беспоповца, в 1719 г. – 112, в 1720 г. – 315, в 1723 г. – 72 беспоповца. Керженские общины беспоповцев поддерживали тесные связи с крупнейшим беспоповским центром – Выголексинским общежительством. В 1698 г. выговцы, обсуждая проект перехода из государственных в помещичьи крестьяне, в случае неудачи своего замысла предусматривали переселение на Керженец. В 1705–1712 гг., спасаясь от голода, часть выговцев перебралась на Керженец. Несколько раз посетил Керженец один из лидеров Выга Андрей Денисов (см. в ст. Денисовы).