В 1660 гг. здесь появился беглый священник из Шуи Дионисий, у которого был большой запас мира и Святых Даров, освящённых при патриархе Иосифе. Это обстоятельство весьма способствовало росту авторитета Керженца, в скит Смольяны к Дионисию приходило множество последователей «старой веры». Дионисий ввёл на Керженце приём в «сущем чине» священников послениконовского поставления. Преемником Дионисия стал иеромонах Феодосий(Ворыпин), рукоположённый патриархом Иосифом. Феодосий появился на Керженце около 1694 г. и пользовался большим авторитетом: он «в нуждах крещения, исповедания и постригания наставляше» жителей скитов. На Керженце Феодосий находился недолго, из-за преследования властей бежал на Ветку, где оставался до своей смерти в 1710 г. признанным главой поповцев. В конце 1670 гг. сеть тайных старообрядческих поселений на Керженце основали монахи, бежавшие из Соловецкого в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря после подавления в 1676 г. Соловецкого восстания. По преданию, семеро соловецких монахов (Арсений, Никанор, Онуфрий, Парфений, Софроний, Трифиллий и Адриан) пришли в долину реки Санохты (правый приток Керженца) и поставили здесь кельи, с тех пор это место стало известно как «Семибратская долина». Бывшие соловецкие монахи руководили общинами поповцев на Керженце. Арсений стал основателем Арсеньевского скита близ деревни Хвостиково и скита Шарпан (впоследствии Старый Шарпан) на реке Чёрной Санохте. После его смерти в 1682 г. скит возглавил старец Онуфрий (по некоторым сведениям, имел прозвище Орёл). Будучи человеком энергичным, с организаторскими способностями, Онуфрий распоряжался поступлением всех средств, приходивших на Керженец от жертвователей, и распределял их между скитами. Не менее почитаемым и авторитетным лидером был Софонтий, будущий основатель и руководитель главного беглопоповского согласия Керженца, Урала и Сибири – софонтиевского. По одним сведениям, он попал в Заволжье с Соловков около 1677 г., по другим –был беглым монахом, скрывавшимся в галичских лесах, где около 1690 г. его нашли «керженские отцы» и пригласили в Заволжье. Софонтий организовал на Керженце скит во имя Святого Духа около деревни Деяново. Ценные сведения о Софонтии оставила жительница керженских скитов Дорофея, которая в 1745 г. свидетельствовала, что старец служил «у себя в келье вечерни, заутрени, а в день часы или обедни… отправлял и на Господские-де праздники живущия в тех лесах раскольники для слушания оных служеб на молитву к нему, Софонтию, в келью собирались» (Центральный архив Нижегородской области). Важным событием в духовной жизни Керженца на рубеже XVII и XVIII вв. стали споры из-за «догматических писем» Аввакума Петрова, созданных в ходе споров с диаконом Феодором Ивановым по основным вопросам православной догматики (см. Аввакумовщина). Письма привёз на Керженец ученик Аввакума Сергий (Крашенинников), поселившийся в скиту Онуфрия, где эти письма приняли с благоговением: «…И бархатом облагают их, и поставляют у святых икон; а инии и с собою носят их, и мнят теми писмами избавлятися от напастей; инии же и ладаном натирают те писма».