В VII–VIII вв. наблюдается, с одной стороны, усложнение внутренней структуры жилых комплексов, с другой – основание новых поселений, более тесно расположенных на единице площади, возникновение настоящих агломераций прилегающих друг к другу и различным образом ориентированных в пространстве строений. Для VII в. характерно появление в таких комплексах башен и мест отправления культа. На территории Келлий исследователи обнаружили руины немалого числа храмов, сильно различавшихся по величине и архитектурным особенностям. Древнейшей считается старая северная церковь в комплексе Кусур-Иса, возведённая вскоре после 400 г. Этот однонефный храм, по мнению исследователей, имел крышу из деревянных балок, а его алтарь первоначально состоял из единственного прямоугольного в плане помещения. Впоследствии к этому помещению были пристроены две боковые комнаты, южная с помощью узкого прохода соединялась с подземным убежищем. Над этой церковью в начале VII в. (по всей видимости, после того как старое здание пришло в негодность) была надстроена ещё одна, условно именуемая новой северной церковью. Трёхнефная южная церковь была выстроена в конце V в.; рядом с алтарём в ней был расположен баптистерий. В других комплексах были свои храмы, остатки большинства из которых обнаружены археологами. В раскопанных жилых комплексах Келлий богато представлена эпиграфика. Бóльшая часть надписей выполнена красной охрой на штукатурке, иногда на мраморе, хотя встречаются и нанесённые чернилами или углём. Надписи преимущественно сделаны на бохайрском диалекте коптского языка и являются одними из древнейших памятников этого диалекта; эпиграфика на греческом (с вкраплением коптизмов) менее распространена, на арабском – датируется, в основном, тем периодом, когда Келлии были уже оставлены монахами. В надписях чаще всего сообщается о кончине того или иного монаха по стандартному формуляру, реже содержатся пояснения к элементам декора, цитаты из Священного Писания или из апокрифических текстов, списки посетивших данный комплекс паломников, молитвы. Надписи на керамике, как правило, плохо поддающиеся прочтению, недостаточно изучены. Сохраненные в эпиграфике имена монахов Келлий, в основном, библейского или народно-коптского происхождения; иногда в надписях встречаются имена правящего византийского императора и Александрийского патриарха, а также завоевателей, нашествию которых Египет подвергался в данную эпоху. Большинство помещений в Келлиях были в той или иной степени декорированы. Тематика изобразительного искусства разнообразна – от максимально простых геометрических узоров до детально прорисованных животных, птиц, судов. Наиболее частым предметом изображения был крест, в качестве орнаментального мотива постоянно повторяемый на стенах построек, а в качестве объекта поклонения обычно украшавший нишу во внутренней восточной стене молельных комнат. В Келлиях засвидетельствованы изображения греческого, латинского, лапчатого и других разновидностей креста. Исследователям известны отдельные рисунки светского характера (например, полулежащей у реки женщины, напоминающей Исиду), однако доминирует христианская тематика: изображения Христа Спасителя, близкие к типу Пантократора, монахов, великомученика Мины с верблюдами и других святых.