В 1965 г., вскоре после обнаружения руин Келлий экспедицией А. Гийомона, Французский институт восточной археологии совместно с Женевским университетом начал здесь археологические раскопки. Из-за большой площади подлежащей исследованию территории, на которой расположены более 1500 кóмов (арабское название холмиков, образовавшихся в результате разрушения сводов и стен строений и заноса развалин песками), необходимо было разделить работу между этими учреждениями. Французский сектор включал, в основном, территории западной части комплекса (Кусур-эр-Рубаият и Каср-эль-Вахайда), швейцарский (руководитель раскопок – Р. Кассер) – восточной части (Кусур-эль-Узайла, Кусур-эль-Абид, Кусур-Иса, позднее также Кусур-эль-Урайма и Кусур-эль-Хигайла). Египетские учёные (Egyptian Antiquities Organization) проводили археологические работы, в основном, вдоль строившейся железнодорожной ветки Танта-Александрия. В 1990 г. раскопки были свёрнуты в связи с тем, что ирригация земель для сельскохозяйственных нужд приводила к постоянному повышению уровня подземных вод, и местность становилась непригодной для археологических исследований. Накануне полного прекращения работ на территории собственно Келлий археологи начали раскопки в Ферме, в 11 км к юго-востоку, на большей высоте над уровнем моря. В 1987–1989 гг. Женевским университетом здесь было обнаружено свыше сотни жилых комплексов, около десятка из них раскопано и исследовано; в 2006 г. работы были продолжены в рамках проекта, осуществляемого Йельским институтом египтологии. Раскопанные на территории Келлий комплексы исследователи делят на несколько типов. Келья для одного монаха (такие комплексы относительно редки), как правило, состояла из четырёх смежных помещений: молельной, кладовой, помещения для рукоделия и жилой комнаты. В наиболее ранних из них не было предусмотрено ни кухни, ни уборной, ни колодца. Однако по большей части жилище предназначалось для двух или даже трёх монахов – вероятно, старца и его учеников. Как правило, келья старца включала молельню и две жилые комнаты, в одной был вход в маленькую кладовую; к ней примыкала келья ученика (или кельи двух учеников), состоявшая чаще всего из молельни и жилой комнаты. Рядом с кельей ученика располагалась кухня с печью для приготовления хлеба, а также ряд других помещений, назначение которых для исследователей остаётся неясным. Территория такого комплекса, включавшего также колодец и резервуар(ы) для воды, была огорожена стеной. В Келлиях обнаружены и комплексы весьма крупных размеров, предназначавшиеся для нескольких (до десяти) живших вместе иноков (самый большой – ком 219 в Кусур-эр-Рубаият, 45х60 м). Развитие жилых комплексов Келлий исследователи восстановливают по данным раскопок следующим образом. Жилища наиболее примитивной структуры, наполовину врытые в землю, известны лишь по раскопкам в Кусур-Иса; они датируются IV–V вв. В течение VI в. появилось множество строений различной планировки для одного насельника и для старца с учеником или учениками (известны исследователям преимущественно на низменных территориях в Кусур-эль-Узайла).