Во второй половине IV в. насельниками Келлий были также так называемые Долгие (Длинные) братья: Аммоний Долгий, Диоскор (впоследствии епископ Гермопольский), Евсевий и Евфимий. В 400 г. они подверглись гонению со стороны Александрийского архиепископа Феофила I по обвинению в оригенизме и были вынуждены покинуть Келлии вместе с поддержавшей их братией. Впоследствии некоторым удалось вернуться, в том числе монаху Исааку, который был избран пресвитером Келлий и устроил здесь по образцу Нитрии странноприимный дом для паломников и больных монахов (почитается как святой в Коптской церкви). Исследователи полагают, что в числе изгнанных архиепископом Феофилом монахов был также Иоанн Кассиан Римлянин, который впервые посетил Келлии, путешествуя по Египту в 380 гг. В IV – первой половине V вв. в Келлиях был только один храм; после четвёртого Вселенского собора (451 г.) была построена церковь для монахов, не принявших халкидонское вероопределение. В течение последующего столетия в Келлиях, как и во всём Египте, активно распространялось монофизитство, и во второй половине VI в. уже известен исследователям монофизитский епископ Келлий – Иоанн Келлиот. О присутствии здесь православных во второй половине VI – начале VII вв. свидетельствует упоминание Келлий в «Луге духовном» Иоанна Мосха. Некоторую информацию о положении Келлий в VII в. содержит копто-арабская «Книга об освящении храма Вениамином», повествующая о путешествии коптского Александрийского патриарха Вениамина I (622–661 гг.) в Нитрийскую пустыню для освящения нового храма скитского монастыря св. Макария (Дейр-Анба-Макар) зимой 645/646 или 646/647 гг. Во время этого путешествия патриарх сделал двухдневную остановку в Келлиях, и несколько местных иноков затем сопровождали его до конца поездки. Согласно «Истории Александрийских патриархов», в состав которой в сокращённом виде вошла «Книга об освящении...», патриарх Вениамин посещал Келлии, по крайней мере, ещё однажды – в 631 г., скрываясь от православного Александрийского патриарха Кира, и возобновил пришедшие в запустение обители. Этот же текст содержит подробности о жизни Келлий в следующем столетии: при коптском патриархе Александре II (705–730 гг.) епископ Иоанн Саисский, будучи назначен мусульманскими властями сборщиком налогов с христианского населения, в числе прочих местностей посетил Эль-Муну, где воссоединил с Коптской церковью некоторых гайанитов и варсануфиан. Данный фрагмент свидетельствует о том, что вероучительные разногласия, возникшие в среде египетских христиан ещё в VI в., и спустя два столетия продолжали оказывать влияние на монахов Келлий. В отличие от Скита, в котором сохранились действующие монастыри, в Келлиях, как и в Нитрии, монашеская жизнь почти угасла в течение первых двух веков после арабского завоевания Египта (639–642 гг.). У мусульманских авторов аль-Якуби (IX в.) и аль-Бакри (XI в.) содержатся сведения о Келлиях как о заброшенных развалинах, в которых тем не менее, по утверждению аль-Бакри, ещё жили отдельные монахи.