Самое раннее датированное свидетельство пребывания мощей Квирина в Риме – запись о поминовении мученика, помещённая в Мартирологе Иеронима Стридонского (так называемая италийская редакция первой половины V в.) под 4 июня: «В городе Саварии, в Паннонии, епископа Квирина; также в Риме, на кладбище в Катакомбах, на третьем милиарии Аппиевой дороги» (реконструкция А. Кантена и Ипполита Делеэ ). По мнению А. де Вааля, мощи Квирина хранились в мавзолее, примыкавшем к базилике Апостолов и известном под названием «Платония». Полуциркульный в плане мавзолей с многочисленными погребальными аркосолиями в интерьере был построен при Римском епископе (папе) Дамасе I (366–384 гг.). В «Платонии» обнаружена частично сохранившаяся метрическая надпись с восхвалением Квирина, выполненная, по мнению Джованни Баттиста Де Росси, в V в. Сохранились свидетельства почитания Квирина в Риме в VI–VII вв. Папа Римский Григорий I Великий (590–604 гг.) послал королеве лангобардов Теодолинде масло от мощей многих мучеников, в том числе Квирина. О гробнице мученика в ансамбле базилики Апостолов упоминается в римских итинерариях VII в. («Записка о церквах города Рима» (вторая четверти VII в.), «О гробницах мучеников, что находятся за стенами города Рима» (первая половина VII в.) и др.). К VII–VIII вв. исследователи относят росписи крипты св. Цецилии в катакомбах Каллиста, где Квирин изображён с мучениками Севастианом и Поликамом. Благодаря поэме Пруденция и упоминанию в «Хронике» Иеронима Стридонского почитание Квирина в Средние века получило распространение в Западной Европе. Венанций Фортунат называл Квирина среди наиболее известных мучеников, краткое сказание о подвиге епископа включено в «Историю франков» Григория Турского. Изображение Квирина в числе других святых сохранилось на серебряном реликварии из Градо (около 500 г.). Поминовение Квирина указано во многих средневековых мартирологах, начиная с так называемого Анонимного Лионского мартиролога (начало IX в.), составитель которого, по мнению А. Кантена, руководствовался записью в «Хронике» Иеронима Стридонского, а возможно, и текстом Мученичества Квирина. Краткие сказания о Квирине в «исторических» мартирологах Адона Вьеннского, Узуарда и других, по мнению исследователей, восходят к «Хронике», но в записи Узуарда добавлена ссылка на свидетельство Пруденция. В основном, благодаря распространению «Хроники» Иеронима Стридонского сообщение о гибели Квирина внесено в ряд средневековых хроник. В двух версиях дополнения к Мученичеству Квирина приведены противоречивые данные о мощах епископа. Согласно одной версии, по указанию папы Римского Иннокентия II (1130–1143 гг.) останки мученика были перенесены в базилику Пресвятой Девы Марии за Тибром (Санта-Мария-ин-Трастевере) и помещены под главным алтарём храма вместе с мощами других святых. Исследователи предполагают, что мощи Квирина находятся в этом храме и в настоящее время. Согласно другой версии, архиепископ Ангильберт перенёс мощи Квирина в монастырь Сан-Винченцо-ин-Прато в Милане вместе с мощами св. Никомеда. Сведения миланских источников о перенесении мощей Квирина также противоречивы, по различным свидетельствам, святыня была помещена в монастыре Сан-Винченцо при архиепископе Ангильберте II (824–859 гг.) или при Ариберте (1018–1045 гг.). В позднейших источниках приведены данные о том, что мощи мучеников Квирина, Никодима и Абундия были подарены архиепископу Ариберту папой Римским Бенедиктом VIII (1012–1024 гг.). Сведений о почитании Квирина в Средние века на территории римского Иллирика мало. Мученик считается покровителем епископств Сисак и Крк (Хорватия). В ансамбле кафедрального собора в Крке сохранилась романская церковь во имя св. Квирина (XII в.). Поминовение Квирина совершается в Загребском и Джяково-Осиекском архиепископствах, а также в епископстве Сомбатхей (Венгрия).