В октябре 1997 г. Э.И. Кассиди организовал проведение в Риме коллоквиума на тему «Корни антисемитизма в христианстве». По поручению папы Иоанна Павла II возглавил работу над составлением документа «Мы помним: размышление о холокосте» («Noi ricordiamo: una Riflessione sulla Shoah»), который был подписан 12 марта 1998 г.: трагедия холокоста объявлялась значимой для христианской церкви по причине её духовного родства с еврейским народом, признавалась негативная роль христианской церкви в развитии и сохранении антисемитизма, но при этом подчёркивалось, что антисемитизм нацистов имел иные, расистские и неоязыческие основы, чуждые христианству. В 2000 г. Э.И. Кассиди сопровождал папу Иоанна Павла II во время его визита в Израиль. Участвовал в восьмой (1990 г.) и девятой (1994 г.) генеральных ассамблеях Всемирного синода епископов; в специальных ассамблеях Синода епископов Европы (1991 и 1999 гг.), Африки (1994 г.), по Ливану (1995 г.), Америке (1997 г.), Азии (1998 г.), Океании (1998 г.). В 1999 г., по достижении 75-летнего возраста, Э.И. Кассиди подал прошение об отставке, но продолжал исполнять обязанности до 3 марта 2001 г. 5 января 2001 г. представитель Папского престола в Российской Федерации архиепископ Г. Цур передал патриарху Алексию II послание Э.И. Кассиди о предстоящем уходе в отставку. 8 февраля того же года Э.И. Кассиди провёл в Риме встречу с католическими епископами из Российской Федерации, прибывшими с визитом ad limina apostolorum. 3 марта 2001 г. на посту председателя папского совета Э.И. Кассиди сменил В. Каспер, епископ Роттенбурга-Штутгарда. На консистории 26 марта 2002 г. папа Иоанн Павел II возвёл Э.И. Кассиди в достоинство кардинала-пресвитера, в качестве титулярного храма за ним была оставлена его диакония. С марта 2002 г. проживает в городе Уорабруке (близ города Ньюкасла, штат Новый Южный Уэльс, Австралия). С 5 июля 2004 г. в связи с достижением 80-летия Э.И. Кассиди утратил права кардинала-выборщика и не принимал участия в конклаве 18–19 апреля 2005 г., на котором был избран папа Бенедикт XVI. Удостоен наград разных стран: ордена Хосе Матиаса Дельгадо (Сальвадор, 1969 г.), ордена Бриллиантовой Звезды с большой лентой (Тайвань, 1979 г.), большого креста ордена Оранских-Нассау (Нидерланды, 1988 г.), большого креста ордена «За заслуги перед Итальянской Республикой» (1988 г.), ордена Австралии (1990 г.), ордена Почётного легиона (1991 г.), большого креста королевского ордена Полярной Звезды (Швеция, 1991 г.), большого креста ордена «За заслуги перед ФРГ» (1994 г.), ордена Льва (Финляндия, 2002 г.), большого креста Мальтийского ордена (2003 г.). В ноябре 1999 г. вместе с раввином И. Гринбергом был удостоен премии «Nostra Aetate» Центра христианско-еврейского взаимопонимания при университете Святейшего Сердца (Фэрфилд, Коннектикут, США). В 2001 г. получил премию пророка Исаии от Американского Еврейского комитета.