13 июня 2000 г. в Москве состоялась новая встреча Э.И. Кассиди с патриархом Алексием II и митрополитом Кириллом (Гундяевым), во время которой обсуждались отношения между РПЦ и Папским престолом, а также перспективы работы восьмой пленарной сессии Смешанной международной комиссии по богословскому диалогу. С 9 по 19 июля 2000 г. Э.И. Кассиди в качестве сопредседателя руководил восьмой пленарной сессией комиссии, проходившей в колледже св. Марии в Эммитсберге (Мэриленд, США). По итогам её работы не удалось принять какого-либо документа, т.к. стороны не пришли к согласию по вопросу о положении Восточных католических церквей. 25 ноября 2000 г. Э.И. Кассиди встречался в Софии с Болгарским патриархом Максимом и членами Священного Синода Болгарской православной церкви и обсудил с ними возможность приглашения патриархом папы Иоанна Павла II в Болгарию, однако патриарх Максим заявил о невозможности данного приглашения. Наиболее значимым событием в служении на посту председателя папского совета по содействию христианскому единству Э.И. Кассиди называет подписание важного документа в экуменическом диалоге между католиками и лютеранами – «Совместной декларации относительно учения об оправдании». С 1994 г. Э.И. Кассиди принимал участие в работе смешанной богословской группы над её составлением и 25 июня 1999 г. объявил о признании католической стороной итогового текста декларации. 31 октября 1999 г. в лютеранском храме св. Анны в Аугсбурге Э.И. Кассиди и президент Всемирной лютеранской федерации епископ К. Краузе, а также генеральный секретарь Всемирной лютеранской федерации пастор И. Ноко и секретарь папского совета по содействию христианскому единству епископ Вальтер Каспер подписали «Совместную декларацию», представившую трактовку учения об оправдании, приемлемую как для католической, так и для лютеранской стороны. Помимо «Совместной декларации» было подписано специальное приложение, определяющее круг богословских вопросов, остающихся открытыми для обсуждения в ходе лютерано-католического диалога. В сентябре 2000 г. Э.И. Кассиди выразил разочарование в связи с выпуском декларации Конгрегации вероучения «Dominus Iesus» от 6 августа 2000 г., подписанной кардиналом Йозефом Ратцингером (с 19 апреля 2005 г. по 28 февраля 2013 г. – папа Римский Бенедикт XVI). В декларации излагались доктринальные принципы католического экуменизма, основанные на утверждении истинности только Римско-католической церкви. Э.И. Кассиди подчеркнул, что, хотя декларация не была подписана лично папой Иоанном Павлом II, она оказала негативное влияние на процесс экуменического диалога. Как председатель комиссии по церковным взаимоотношениям с иудаизмом, Э.И. Кассиди участвовал в организации различных мероприятий, в том числе переговоров между Папским престолом и Израилем, которые завершились в 1993 г. установлением между ними дипломатических отношений.