Большое значение С.Н. Какабадзе придавал публикации документальных материалов по истории Грузии и ГПЦ периода Средневековья. Исследователи особо отмечают заслуги С.Н. Какабадзе в выявлении, изучении и публикации документов по истории ГПЦ. Начиная с 1912 г. он издавал гуджары (грамоты, указы) патриарших поместий в Восточной Грузии; грамоты монастыря Шиомгвиме; жалованные царём Грузии Георгием II (1072 г.), царицей св. Тамарой (1201–1202 гг.) и царём Георгием IV Лашей (1220 гг.); «Завещание» (1123–1124 гг.) царя единой Грузии св. Давида IV Строителя монастырю Шиомгвиме; ряд приходо-расходных описей разных храмов. С.Н. Какабадзе изучал деятельность Восточногрузинских (Мцхетских) и Западногрузинских (Бичвинтских (Абхазских)) предстоятелей (католикосов и католикосов-патриархов) и архиереев; уточнил списки их имён и хронологию правления. Также изучил документы, связанные с доходами обоих католикосатов ГПЦ (Мцхетского и Абхазского). В 1921 г. в двух томах вышли собранные С.Н. Какабадзе «Церковные документы Западной Грузии». Были опубликованы источники, касающиеся истории монастыря Илори, Баграта храма в Кутаиси, документы, связанные с деятельностью митрополита Чкондидского Арсения (XIII в.), «Большой иадгари Абхазского Католикосата», памятники канонического права: «Католикосское право» (Законы католикосов), «Порядок коронования царя» XIII в. Многие публикации С.Н. Какабадзе были посвящены истории древнегрузинских городов Тбилиси, Мцхеты, Кутаиси. Несколько его сочинений затрагивают историю патриаршего кафедрального собора Светицховели. В стремлении как можно полнее изучить историю Грузии С.Н. Какабадзе исследовал тексты летописей (переводил, уточнял датировки). В 1924 г. издал «Исторические разыскания», посвящённые ханметным текстам грузинского перевода Четвероевангелия V–VI вв., проблеме датировки трактата «О разделении Грузии и Армении», вопросам, связанным с древнегрузинской летописью «Мокцеваи Картлисай» («Обращение Картли»), и с другими древнегрузинскими летописями. В 1949–1950 гг. совместно с П. Гагошидзе вышла двухтомная работа по описанию коллекции грузинских рукописей Центрального государственного исторического архива Грузии (ЦГИА). С.Н. Какабадзе изучал и публиковал памятники древнегрузинской агиографической и светской литературы. Издал «Житие Евстафия Мцхетского» (1928 г.), «Витязь в тигровой шкуре» Шота Руставели (1913, 1927 г.), «Тамариани» («Восхваление царицы Тамар») Чахрухадзе (1913, 1937 гг.), «Амирандареджаниани» Мосе Хонели (1939 г.), «Абдулмесиани» Иоанна Шавтели (1937 г.), «Ронини» Иоанна Хелашвили (1959 г.). Все эти публикации снабжены исследованиями и комментариями.