Кроме своего имени С.Н. Какабадзе использовал псевдонимы С. Давитиани и Homo Novous. Со второй половины 1920 гг. С.Н. Какабадзе читал лекции и вёл спецкурсы (история Грузии, архивоведение, источниковедение, вспомогательные исторические дисциплины) в Тифлисском государственном университете, в Батумском, Сухумском и Кутаисском педагогических институтах. В 1937 г. без защиты докторской диссертации по совокупности трудов С.Н. Какабадзе было присвоено звание профессора. В 1945 г. С.Н. Какабадзе вновь вернулся в ЦГИАГ, где до 1961 г. возглавлял Отдел древних актов. В 1961–1967 гг. преподавал в Кутаисском педагогическом институте. Похоронен в Тбилисском пантеоне общественных деятелей в Дидубе. Именем С.Н. Какабадзе и его брата, известного грузинского художника Давида Какабадзе, названа одна из улиц Тбилиси (ул. Братьев Какабадзе). С.Н. Какабадзе был одним из ведущих историков и источниковедов Грузии. Оставил богатое научное наследие, сыгравшее важную роль в развитии грузинской историографии. Ему принадлежит больше трёхсот научных публикаций, в которых изучены и разработаны важные проблемы истории Грузии и Грузинской православной церкви (ГПЦ). Одним из первых был издан труд «Святая Нино и значение её в истории Грузии», тем самым С.Н. Какабадзе подчёркивал важность обращения к истокам национальной исторической науки. По его мнению, Григорий Просветитель проповедовал христианство в Иберии (Картли), которая занимала территорию по южную сторону течения реки Мтквари (Куры), а затем в Армении, в то время как св. равноапостольная Нина – в Эрети. С.Н. Какабадзе считал, что Крещение Картли состоялось в 312 г. Накопленный им богатый материал был напечатан в пяти томах под названием «Исторические документы», в них вошли сведения о социальной, экономической и церковной жизни средневековой Грузии. Продолжая исследования, посвящённые деятельности отдельных исторических лиц Грузии (цари Баграт IV Куропалат, Баграт VI, св. Давид IV Строитель, Александр I, Константин VI, Соломон I, Георгий V Блистательный, Ираклий II, царица св. Тамара и др.), С.Н. Какабадзе регулярно издавал новые материалы в виде малых сборников. Так появились штудии по вопросам истории Грузии, где две главы были посвящены церковной истории: первая – западногрузинскому (абхазскому) католикосу Даниилу (1370–1380 гг.); четвёртая – западногрузинским католикосам-патриархам времени царствования имеретинского царя Соломона I (1752–1784 гг.): Виссариону (Эристави; 1742–1769 гг.), Герману (Цулукидзе; конец XVIII в.), Иосифу (Багратиони; 1769–1776) и Максиму II (Абашидзе; 1776–1795 гг.); исследования по генеалогии царей Абхазии и Имерети XV в., а также материалы о численности населения Грузии в XV–XVIII вв. и др.