В 1924–1925 гг. в журналах «Мнатоби» и «Саисторио моамбе» С.Н. Какабадзе публиковал работы, посвящённые вопросам экономики, народонаселения, истории денег, архивного дела в Грузии. Больше сотни страниц «Саисторио моамбе» за 1924 г. были посвящены кровным грамотам. В 1928–1929 гг. С.Н. Какабадзе осуществил уникальное издание «Исторический сборник»: в пяти книгах (четыре в общей нумерации и одна дополнительная) было опубликовано несколько крупных источников и научных изысканий. В труде «Архетипы житий сирийских отцов» были изданы источники, касающиеся деятельности основателей монашества в Грузии Иоанна Зедазнийского и его 12 учеников. В третьей книге было опубликовано и снабжено комментариями Житие Евстафия Мцхетского. «Изыскания об истории грузин в IV–VII вв.» охватили вопросы истории Картли: Крещения, отношений с Эгриси, церковного разделения с Арменией, деятельности предстоятелей и архиереев церкви и др. Также были опубликованы два документа 1814 г., связанные с монастырём Шемокмеди, документы, касающиеся времени постройки патриаршего кафедрального собора Светицховели. «Материалы к социальной и экономической истории Западной Грузии» охватили, в основном, аспекты церковной истории Гурии, Имерети и Одиши: С.Н. Какабадзе были представлены и описаны документы XV–XIX вв., касающиеся владений Западногрузинских католикосов, архиереев и монастырей Хони, Джручи, Гелати и Кацхи. В публикации «Два подоходных списка X в.» были представлены и описаны документы, связанные с церковной историей региона Тианети и церкви Самтависи X–XV вв. Имущественному положению церкви в Западной Грузии на начальном этапе вхождения Грузинской православной церкви в состав РПЦ в качестве Грузинского экзархата посвящена публикация «Имеретинские церковные крестьяне и имения по описям 1820 и 1825 гг.» Исследователям интересна одна из литературоведческих работ С.Н. Какабадзе – «Калмасоба о Западной Грузии». Весь собранный и систематизированный в течение жизни материал позволил С.Н. Какабадзе приступить к составлению истории Грузии, сначала в кратком изложении, а затем был написан полный вариант истории грузинского народа (Институт рукописей Корнелия Кекелидзе); издан лишь «российский период» (1883–1921 гг.). С.Н. Какабадзе – автор нескольких монографий, посвящённых деятельности царя св. Вахтанга Горгасали, Георгия Саакадзе, царя Ираклия II; С.Н. Какабадзе исследовал и описал источники, касающиеся двух наиболее важных битв в истории Грузии – Дидгорской и Крцанисской. Отдельное исследование посвятил вопросу возникновения грузинской государственности. Также С.Н. Какабадзе принадлежат несколько учебников, посвящённых истории Грузии.