В Вормсе Йонас Юстус познакомился и вступил в непродолжительную дискуссию с немецким гуманистом Иоганном Кохлеусом (1479–1552 гг.), который впоследствии стал одним из ведущих оппонентов лютеранства. В знак благодарности за поддержку в Вормсе Мартин Лютер впоследствии посвятил Йонасу Юстусу трактат «Опровержение рассуждения Латомия» («Rationis Latomianae confutatio», 1521 г.). На обратном пути из Вормса Йонас Юстус расстался с Мартином Лютером в Айзенахе, незадолго до «похищения» Мартина Лютера по приказу курфюрста Фридриха III и его поселения в замке Вартбург. После возвращения в Эрфурт Йонас Юстус воспринимался как сподвижник Мартина Лютера: друзья расточали ему похвалы, в то время как католическое церковное руководство стало считать его еретиком: так, декан церкви, в которой Йонас Юстус был каноником, решил, руководствуясь папской буллой против Мартина Лютера, отлучить Йонаса Юстуса от церкви. Однако до принятия каких-либо мер против него Йонас Юстус покинул Эрфурт и направился в Виттенберг, где планировал поселиться. Переселение Йонаса Юстуса в Виттенберг стало возможным вследствие того, что ещё 21 января 1521 г. скончался Гёде, преподававший в Виттенбергском университете каноническое право и исполнявший обязанности пробста замковой церкви Всех святых. В качестве возможных кандидатов на его место рассматривались Андреас Рудольф Карлштадт (ум. в 1541 г.) и Муциан, однако курфюрст Фридрих III по рекомендации Спалатина, служившего у него секретарём и придворным проповедником, согласился назначить пробстом Йонаса Юстуса. В письме курфюрсту Спалатин характеризовал Йонаса Юстуса как «молодого человека, благочестивого и учёного священника (frummer gelarter priester), в совершенстве владеющего латинским и тевтонским красноречием, талантливого юриста». Муциан, отказываясь от должности, также рекомендовал Йонаса Юстуса, отзываясь о нём в восторженных выражениях: «(Йонас) столь искусен в теологии и в юриспруденции, столь свят жизнью, что невозможно по достоинству похвалить его»; он также отмечал проповеднический талант Йонаса Юстуса, называя его «вторым Лютером». Эразм Роттердамский, узнавший о поездке Йонаса Юстуса с Мартином Лютером в Вормс и о его намерении переселиться в Виттенберг, 10 мая 1521 г. направил ему длинное письмо, в котором предостерегал Йонаса Юстуса от безоговорочного следования за Мартином Лютером и подчёркивал необходимость мирного реформирования католической церкви. По словам Эразма Роттердамского, христианская «религия – это мир в Духе Святом»; злоупотребления существуют в церкви с самого начала христианства, и задача их исправления возложена на церковное руководство (т.е. на папу и епископов) и на светские власти, а не на простых священников и христиан, которые должны смиренно трудиться на ниве гуманистического образования и просвещения. В письме Эразм Роттердамский соглашается с тем, что Мартин Лютер в своей деятельности руководствуется благими намерениями, однако отмечает, что горячность и самоуверенность Мартина Лютера могут привести к возникновению церковной смуты и раскола (tumultum ac dissidium), чего любой ценой необходимо избегать. Письмо Эразма Роттердамского не оказало влияния на Йонаса Юстуса: он принял твёрдое решение до конца оставаться верным Мартину Лютеру и его религиозным принципам.