В относящейся к началу ректорства Йонаса Юстуса похвальной речи, составленной его другом Г.Э. Гессом, Йонаса Юстус называется верным последователем Эразма Роттердамского, «ревнителем христианской философии». Йонас Юстус принимал активное участие в предпринятой эрфуртскими гуманистами письменной защите Эразма Роттердамского от нападок английского учёного Эдуарда Ли (впоследствии архиепископ Йоркский; ум. в 1544 г.), упрекавшего Эразма Роттердамского в том, что тот в своём издании греческого текста Нового Завета намеренно проигнорировал ряд текстологических наблюдений Эдуарда Ли. Отношение Йонаса Юстуса к христианству в это время продолжало определяться его преклонением перед Эразмом Роттердамским. В личной переписке Йонас Юстус называл Эразма Роттердамского своим «отцом во Христе», подчёркивая тем самым, что именно Эразм Роттердамский побудил его перейти от занятий юриспруденцией к изучению теологии и к проповеднической деятельности. В этой связи исследователи находят примечательной реакцию Йонаса Юстуса на сообщение Иоганна Ланга о диспуте между Мартином Лютером и Иоганном Экком (1486–1543 гг.), который проходил с 27 июня по 16 июля 1519 г. в Лейпциге. В ответном письме другу Йонас Юстус никак не комментирует богословское содержание диспута, однако горячо возмущается тем, что Иоганн Экк позволил себе критически отзываться об Эразме Роттердамском как об одном из разжигателей церковной смуты. По словам Йонаса Юстуса, «Эразм за три года (т.е. за время, прошедшее с выхода первого издания греческого Нового Завета) сумел обновить Церковь Христову и всю вселенную», поэтому нельзя допустить, чтобы его дело было разрушено нападками Иоганна Экка, который, по убеждению Йонаса Юстуса, руководствуется лишь своим тщеславием. Вместе с тем в том же письме Йонас Юстус отмечает, что «весь Рим отступил от Евангелия и бродит во тьме» (подобные выражения свидетельствуют о том, что Йонас Юстус постепенно отходил от осторожной позиции Эразма Роттердамского, предпочитавшего не выступать открыто против папской власти, и двигался в сторону Мартина Лютера). Переписка Мартина Лютера свидетельствует, что он со вниманием относился к деятельности Йонаса Юстуса: так, в апреле 1519 г. он просил Иоганна Ланга передать от него приветствие «учёнейшему» Йонасу Юстусу. По мнению исследователей, именно от Иоганна Ланга, состоявшего в постоянной переписке с Йонасом Юстусом, Мартин Лютер узнал о желании Йонаса Юстуса посвятить себя изучению теологии. Своё отношение к этому Мартин Лютер высказал в письме Йонасу Юстусу от 21 июня 1520 г.: «Я радуюсь, что ты удалился из бурного юридического моря и достиг тихой гавани (изучения) Священного Писания». По мнению исследователей, говоря об изучении Писания, Мартин Лютер имел в виду лекции по Первому и Второму посланиям к Коринфянам апостола Павла, которые Йонас Юстус читал в начале 1520 г. Текст лекций не сохранился, однако Йонас Юстус отдельно опубликовал «Предисловие» («Praefatio in epistolas divi Pauli apostoli ad Corynthios», 1520 г.). Из текста для исследователей очевидно, что изучение Писания Йонас Юстус всё ещё понимал в гуманистическом духе: он прямо восхвалял «метод Эразма»; вместе с тем в «Предисловии» исследователи отчётливо прослеживают влияние на Йонаса Юстуса идеи Мартина Лютера о Священном Писании как о единственном и высшем источнике истины.