К концу 1510 гг. оставшиеся от родителей денежные средства иссякли, и материальные обстоятельства жизни Йонаса Юстуса ухудшились; по мнению исследователей, именно по этой причине он решил начать церковную карьеру. В 1516 г. Йонас Юстус стал священником; в 1518 г. – каноником в эрфуртской Северикирхе (церковь св. Севера); эта церковная должность приносила Йонасу Юстусу надёжный доход. Именно в Северикирхе Йонас Юстус произносил первые проповеди, посвящённые толкованию Священного Писания, главным образом, посланий апостола Павла. Одновременно начал преподавать на факультете искусств Эрфуртского университета; с 1518 г. также читал лекции по «Институциям» Юстиниана и другим памятникам римского права. Во время обучения в Эрфурте Йонас Юстус познакомился с идеями ренессансного гуманизма, приверженцами которого были многие его преподаватели и собратья по учёбе. С середины XV в. в Эрфурте преподавали многие гуманисты и сторонники церковных реформ (например, Иоганн Везель, Петер Лудер, Йодокус Трутветтер). В конце XV в., во время ректорства Николауса Маршалька (ум. в 1525 г.), образовательные программы Эрфуртского университета были во многом изменены в соответствии с гуманистическими принципами: хотя в области теологии продолжал господствовать схоластический метод, прочие науки во многом были освобождены от схоластики; было узаконено преподавание трёх древних языков, а также введено в оборот большое число учебных пособий, имевших целью усиление роли историко-филологического метода при преподавании всех дисциплин, в том числе теологии и библейской экзегетики. Весьма сильным в Эрфурте было влияние жившего неподалеку, в городе Гота, известного гуманиста Конрада Муциана Руфа (1470–1526 гг.), вокруг которого в начале XVI в. сформировался кружок молодых гуманистов. Одним из последователей Муциана Руфа был поэт Гелий Эобан Гесс (ум. в 1540 г.), поступивший в университет на несколько лет раньше, чем Йонас Юстус Г.Э. Гесс стал другом Йонаса Юстуса и одним из его руководителей в гуманистических устремлениях; в 1509 и 1510 гг. Йонас Юстус посвятил другу два хвалебных стихотворения, которые являются наиболее ранними сохранившимися сочинениями Йонаса Юстуса. После возвращения в Эрфурт в 1515 г. Йонас Юстус познакомился с Муцианом Руфом и с энтузиазмом воспринял его идеи о необходимости противостоять ложной схоластической учёности и создавать обновлённую систему христианского гуманистического образования. Йонас Юстус и другие члены эрфуртского гуманистического кружка поддерживали Муциана Руфа в деле защиты выдающегося филолога Иоганна Рейхлина (1455–1522 гг.) от нападок католических схоластов. Исследователи полагают, что Йонас Юстус принимал участие в создании знаменитого сочинения «Письма тёмных людей» («Epistolae obscurorum virorum», часть 1 – 1515–1516 гг., часть 2 – 1517 г.), инициатором написания которого был Муциан Руф, а основными авторами – два друга Йонаса Юстуса: Крот Рубеан (ум. в 1545 г.) и Ульрих фон Гуттен (1488–1523 гг.). По мнению исследователей, именно общение и переписка с Муцианом Руфом впервые заставили Йонаса Юстуса задуматься об изучении теологии; так, в одном из сохранившихся писем Муциан Руф сетует на то, что немногие решаются жить в соответствии с «правилом Христа» («norma Christi»), и указывает на то, что юридическое «законничество» является бесплодным, если оно не подчиняется более высокой гуманистической цели – улучшению нравов.