Вместе с этим ответом Эразм Роттердамский написал пространное прощальное письмо Йонасу Юстусу. Центральной темой этого письма является обращённый к Йонасу Юстусу призыв посвятить себя служению «славе Христовой» на поприще теологии (исследователи полагают, что этот призыв продолжал темы, затронутые в беседах Йонаса Юстуса с Эразмом Роттердамским). В частности, Эразм Роттердамский в письме предупреждает Йонаса Юстуса, что большинство современных им теологов-схоластов и монашеских учителей проповедуют «не Христа, но людей, то есть самих себя»; побуждает его избегать «скотистских тонкостей» («scotisticas subtilitates»; речь идёт об учении последователей католического теолога и философа Иоанна Дунса Скота) и «схоластических догматов» («scholastica dogmata»); убеждает учиться самому и учить других «истинному благочестию» («vera pietas»), «просвещать людские умы философией Христовой («philosophia Christi»)». С письмами Эразма Роттердамского Йонас Юстус направился во Франкфурт-на-Майне, где в это время пребывал курфюрст Фридрих III; после вручения писем в конце июня 1519 г. Йонас Юстус вернулся в Эрфурт. Знаком признания научного авторитета Йонаса Юстуса стало его избрание (2 мая 1519 г., т.е. ещё во время его пребывания у Эразма Роттердамского) на должность ректора Эрфуртского университета, которую он занимал в течение летнего семестра 1519 г. (в XVI в. в Эрфурте, как и во многих других немецких университетах, ректоры избирались на короткий срок – один или два семестра). По обычаю того времени, в мартикул университета был внесён герб избранного ректора, а также ректорская речь Йонаса Юстуса. В красочном изображении герба Йонаса Юстуса, занимающего в мартикуле отдельный лист, обыгрывается библейская символика его фамильного имени: на переднем плане изображён кит, во рту которого находится Йонас Юстус, уподобляемый библейскому пророку Ионе; этот образ ещё раз повторяется на щите, помещённом в правом верхнем углу. Впоследствии Йонас Юстус неоднократно использовал в качестве герба изображение Ионы во рту кита; в частности, этот герб присутствует на некоторых виттенбергских изданиях его сочинений и переводов. В верхней части изображения Йонас Юстус представлен в одежде учёного; он преклоняет колени перед воскресшим Христом. Миниатюра, оформляющая инициал ректорской речи Йонаса Юстуса, изображает его визит к Эразму Роттердамскому. Свою задачу в качестве ректора Йонас Юстус видел в реализации рекомендаций Эразма Роттердамского: он считал, что Эрфурт должен стать центром гуманистической «христианской науки». В ректорской программе Йонас Юстус заявлял о необходимости строго следовать гуманистическому принципу обязательного изучения трёх «библейских языков», а также о желании реформировать преподавание на факультете искусств таким образом, чтобы оно перестало быть пропедевтикой к схоластической теологии и стало подготовкой к гуманистическим исследованиям. Хотя большинство начинаний Йонаса Юстуса остались нереализованными, его стремление к реформам было с энтузиазмом встречено эрфуртскими гуманистами.