Декор монастыря Иакинфа был восстановлен при участии Навкратия (возможно, игумен Студийского монастыря в Константинополе (ум. в 848 г.), о чём сообщает надпись: «Навкратий воздвигает божественные иконы». Крест в апсиде был заменён изображением Богоматери, принимающей в Своё лоно Христа (на фотографии заметны следы креста на новом фоне рядом с фигурой Богоматери). По оси конхи между небесным сегментом и фигурой Богоматери на фоне среднего луча была выложена десница Господа. Восстановление старой иконографии и некоторые дополнения к ней соответствуют спорам между иконоборцами и иконопочитателями. Апсида церкви, как считает Франческо де Маффеи, представляет пещеру Рождества и гробницу Христа. Троичная природа и единство Лиц Святой Троицы переданы тремя лучами, исходящими от десницы, образ Богородицы с Младенцем иллюстрирует догмат Боговоплощения Второго Лица Троицы. По мнению исследователей, в IX–X вв. на западных гранях предалтарных столпов были помещены мозаичные иконы: на северном – Богоматерь, держащая на левой руке Младенца, с надписью: «Милующая», на южном – Христос Антифонит. По мнению В.Н. Лазарева, они принадлежат к константинопольской школе. К моменту фотофиксации мозаики находились в разрушенном состоянии. В IX в. в южном нефе был устроен аркосолий (как полагают исследователи, над погребением одного из устроителей монастыря Иакинфа). Тимпан аркосолия был украшен, как полагают исследователи, мозаикой, позже заменён фреской. В третьей четветри XI в. мозаиками был украшен нартекс храма. Судя по фотографиям, как полагают исследователи, в центре свода размещался медальон с хризмой на золотом фоне, по сторонам –с погрудные изображения Христа Пантократора и Иоанна Предтечи, Иоакима и Анны в медальонах на голубом фоне, символизирующем небо, по углам свода – фигуры четырёх евангелистов. В люнете над главным входом в кафоликон – поясная фигура Богоматери Оранты на золотом фоне; напротив Неё – надпись с молитвой Никифора и перечислением его титулов: «Господи, помоги рабу Твоему Никифору, патрикию, препозиту, весту и великому этериарху». Находившаяся над дверью в южный неф мозаика (согласно описаниям и зарисовке 1834 г.) представляла Богоматерь с Младенцем на руках и предстоящих императора Константина X Дуку и великого этериарха Никифора, которому был дарован монастырь. К. Манго датировал мозаики 1065–1067 гг., т.к. нартекс был перестроен после землетрясения 1065 г. По предположению В.Н. Лазарева, новая роспись монастыря Иакинфа дополнила характерный для XI в. ансамбль: в куполе кафоликона было изображено «Вознесение», в парусах – херувимы; система росписи нартекса была сходна с системой росписи подкупольного и алтарного пространства, в апсиде было принято помещать фигуру Богоматери Оранты. Датировки мозаик, предложенные исследователями, существенно расходятся. Ф.И. Шмит и вслед за ним В.Н. Лазарев считали, что небесные силы и та фигура Богоматери с Младенцем в апсиде, что была заменена крестом, – самые ранние и исполнены в одно и то же время, при игумене Иакинфе. По предположению П. Андервуда, образы небесных сил были выполнены при Навкратии, как и Богоматерь с Младенцем на северо-восточном столпе, их новые фигуры были выложены в VIII в., а к раннему этапу исследователи относят только сегмент неба, Этимасию, часть надписей и лабарумы.