После переговоров с герцогом Филиппом III провёл провинциальный капитул обсервантов в Брюгге и убедил настоятелей бургундских монастырей поддержать папу Евгения IV. Весной 1443 г. Иоанн Капистранский вернулся в Италию, участвовал в заседаниях генерального капитула францисканцев, собравшегося в июне в Падуе. В июле 1443 г. с целью упорядочить управление Орденом папа созвал комиссию обсервантов, по решению комиссии были организованы две провинции (Предальпийская и Заальпийская), напрямую подчинённые генеральному министру. Иоанна Капистранского назначили генеральным викарием Предальпийской провинции, ему было поручено составление новой редакции орденского устава (вступил в силу в 1446 г.). Исследователи полагают, что под влиянием Иоанна Капистранского буллой «Ut sacra Ordinis» (1446 г.) папа Евгений IV признал фактическую независимость обсервантов. В 1451 г. Иоанн Капистранский, получив полномочия папского легата, проповедовал в Священной Римской империи, в Венгерском и Чешском королевствах. Хотя одной из его главных задач была борьба с еретиками (прежде всего, с гуситами), в проповедях он затрагивал широкий круг проблем: верховенство Папского престола, толкование канонического и светского права, комментирование Священного Писания, объяснение главных правил францисканской духовной традиции. Значительная часть его проповедей сохранилась как в его записях, так и в передаче очевидцев (в XVII в. был составлен свод творений Иоанна Капистранского в 19 томах). Иоанн Капистранский – автор сочинений по богословию и каноническому праву, среди которых – «Трактат об алчности» («Tractatus de cupiditate»), «О власти папы и Собора, или О власти Церкви» («De auctoritate papae et concilii sive de Ecclesiae auctoritate»), «Зерцало совести» («Speculum conscientiae»), «Защита Третьего ордена блаженного Франциска» («Dedensorium tertii ordinis») и «Трактат об одном браке» («Tractatus de quondam patrimonio per modum consilii ubi quaeritur an a papa licite et de honestate conscientia salva, dispensatio peti possit») – об отмене помолвки между кондотьером Франческо Сфорца и Бьянкой Марией Висконти. В повседневной жизни Иоанн Капистранский оставался верен аскетическим идеалам францисканства: ходил пешком, без обуви, носил власяницу, спал на земле, подкладывая под голову камень или бревно, не больше трёх – четырёх часов в сутки, ел раз в день. В 1454 г. он принял участие в заседаниях Собора во Франкфурте-на-Майне, где обсуждался вопрос об организации Крестового похода против турок и защиты южных границ Европы. О начале Крестового похода было объявлено 15 мая 1455 г. (папа Римский Каллист III даровал индульгенцию всем его участникам). В конце мая 1455 г. Иоанн Капистранский прибыл в Венгрию. Венгеские власти с опаской относились к инквизиторской деятельности Иоанна Капистранского, остерегаясь религиозного раскола. Король Венгрии Владислав (Ласло) V и правитель Янош Хуньяди подчёркивали, что ценят Иоанна Капистранского как организатора военных действий против Османской империи. В 1455 г. папа Римский Каллист III указал ему на необходимость сосредоточить усилия исключительно на подготовке Крестового похода: католическому проповеднику надлежало действовать в контакте с папским легатом кардиналом Хуаном Карвахалем, которому было поручено собрать христианскую армию, способную противостоять турецкой угрозе. Датой сбора войск было назначено 1 августа 1456 г. Однако, прежде чем христианская армия была собрана, войска турецкого султана Мехмеда II начали продвигаться на север к Белграду.