В мае 1462 г. венгерские посланники в Риме по поручению короля ходатайствовали об ускорении процесса канонизации. Тогда же были составлены первые Жития Иоанна Капистранского. Однако идея канонизации Иоанна Капистранского вызвала недовольство ряда влиятельных лиц, знавших его при жизни. Францисканец-конвентуал М. Дёринг, продолжатель хроники Дитриха Энгельхуса в 1460 гг., упоминал о тяжёлом характере Иоанна Капистранского, о его тщеславии, а также о том, что его деятельность по укреплению обсервантских монастырей нарушила единство Ордена францисканцев. В августе 1473 г. Эржебет Силади, вдова полководца Яноша Хуньяди, обратилась к папе Римскому Сиксту IV с просьбой начать канонизационный процесс, подчеркнув роль Иоанна Капистранского в укреплении католичества в южной части Венгерского королевства. Вопрос о поддержке канонизации Иоанна Капистранского обсуждался на капитуле итальянских обсервантов в Павии (апрель 1478 г.). Папа Римский Лев X разрешил почитание Иоанна Капистранского как блаженного Римско-католической церкви в итальянских епископствах Сульмона и Вальва. В Венгрии комиссия под руководством Сремского епископа Яноша Гути и Печского епископа Дёрдя Сатмари подготовила сведения очевидцев о жизни и чудесах Иоанна Капистранского. После кончины папы Льва Х (1521 г.) процедура канонизации вновь замедлилась, несмотря на ходатайства короля Польши Сигизмунда, короля Чехии и Венгрии Людовика II Ягеллона, трансильванского воеводы Яноша Запольяи и неоднократные просьбы венгерских епископов. После поражения в битве при Мохаче и гибели короля Людовика II (1526 г.) турки захватили Уйлак и устроили в храме францисканского монастыря мечеть. О мощах Иоанна Капистранского исследователям ничего не известно. Существовали предположения, что они были спасены и впоследствии почитались в разных церквах в Закарпатье или в Валахии. В XVIII – начале XX вв. предпринимались попытки найти останки, однако безрезультатно. Угроза турецкого нашествия способствовала широкому распространению почитания Иоанна Капистранского. В 1519 г. в Лейпциге был издан сборник выдержек из проповедей Иоанна Капистранского, составленный в монастыре Мариенмай. Тогда же гуманист Дж. Коклео опубликовал письма Иоанна Капистранского гуситам. В 1564 г. в Вене были напечатаны Жития Иоанна Капистранского. Папа Римский Григорий XV (1621–1623 гг.) разрешил почитание Иоанна Капистранского членам францисканского Ордена. По указанию папы Урбана VIII (1623–1644 гг.) были созданы две комиссии – в Риме (для сбора и анализа сведений о жизни Иоанна Капистранского) и в области Абруцци (для проверки сведений о чудесах). Материалы, собранные во время процесса канонизации Иоанна Капистранского, были доставлены в Рим и переданы в Конгрегацию обрядов. Только в 1662 г. Конгрегация обрядов признала, что при изучении биографии Иоанна Капистранского не обнаружено ничего, что нарушало бы основные принципы католической веры (декрет от 17 сентября подтверждён папой Римским Александром VII). Иоанн Капистранский канонизирован 16 октября 1690 г. папой Римским Александром VIII. Канонизационная булла была опубликована лишь 4 июня 1734 г., при папе Римском Бенедикте III. Процесс канонизации Иоанна Капистранского оказался одним из самых длительных в истории Римско-католической церкви (234 года).