В условиях охватившей Венгрию паники, после того как немецкие князья отказались участвовать в борьбе с турками, Иоанн Капистранский собрал войско, напрямую обращаясь к народу: по его словам, все, кто желали поддержать Римский престол в борьбе с турками, независимо от вероисповедания являлись друзьями и союзниками Римского папы. Своими проповедями он способствовал притоку добровольцев. В начале июля отряды (около 27 тыс. человек, по другим данным, около 40 тыс.), в основном, состоявшие из плохо вооружённых крестьян (многие имели только пращи и косы), были собраны под Белградом, осаждённым турками. Иоанн Капистранский призывал вступать с врагами в открытый бой, ничего не боясь и веря в Божью помощь. Несмотря на значительные разрушения городских укреплений, 21 июля 1456 г. туркам не удалось взять Белград штурмом. На следующий день, 22 июля, Иоанн Капистранский во главе двухтысячного отряда ополченцев проник в тыл турецкой армии, расположенной у реки Савы. Турки, не оказав значительного сопротивления, бежали. Победа христианского войска под Белградом, первая после падения Константинополя, на 70 лет остановила наступление турок на католическую Европу (до 1521 г., когда Белград был захвачен турецким султаном Сулейманом I). Когда в венгерском лагере началась эпидемия чумы, Иоанн Капистранский заболел. В начале августа 1456 г. он удалился во францисканский монастырь в Уйлаке. По пути в монастырь местные жители, главным образом, православные сербы, встречали его как героя, освободителя от турок. После тяжёлой болезни, отдав последние распоряжения и написав прощальное послание братьям по Ордену, Иоанн Капистранский скончался. Его тело, остававшееся, как подчёркивается в Житиях, без признаков тления, через восемь дней при большом стечении народа было захоронено в саду, рядом с апсидой монастырского собора. Впоследствии мощи Иоанна Капистранского были помещены в особой капелле францисканской церкви в Уйлаке. Сразу после кончины началось почитание Иоанна Капистранского как святого. В письме от 27 октября 1456 г. кардинал Хуан Карвахаль назвал кончину Иоанна Капистранского «тяжёлой утратой для Церкви, особенно в настоящее время». Друзья и соратники Иоанна Капистранского, в том числе Джироламо из Удине и Джованни Тальякоццо, 1 января 1457 г. отправили кардиналу Энеа Сильвио Пикколомини (впоследствии папа Римский Пий II) послание с описанием последних дней Иоанна Капистранского. Обсерванты стремились как можно быстрее узаконить почитание Иоанна Капистранского, однако кардинал Хуан Карвахаль выступил против канонизации; он указывал на недостатки покойного – авторитаризм в отношениях с членами Ордена, легкомыслие, жажду славы и вспыльчивый характер. В 1457 г. францисканцами был начат сбор сведений о чудесах, об образе жизни и о репутации (fama sanctitatis) Иоанна Капистранского. В марте 1460 г. венгерский король Матьяш I Хуньяди, полагавший, что заступничеством Иоанна Капистранского он был спасён из заключения и пришёл к власти, ходатайствовал о начале канонизационного процесса перед папой Римским Пием II и коллегией кардиналов. В октябре 1461 г. о причислении Иоанна Капистранского к лику святых Римско-католической церкви просил император Фридрих III. С июня 1462 г. по январь 1463 г. итальянские обсерванты под руководством Габриеле да Верона посетили те города Германии и Польши, где проповедовал Иоанн Капистранский, чтобы опросить свидетелей о его деяниях и чудесах (собранные ими документы были доставлены в Италию и там утрачены; лишь в XVII в. их обнаружил Ваддинг и опубликовал в «Annales Minorum»).