Подлинное учение Иоахима Флорского при этом в значительной мере было изменено и забыто: «Чтобы иметь возможность полноценно использовать пророческий авторитет Иоахима для своих религиозно-политических целей, францисканцы были вынуждены вместо плохо пригодных для этого подлинных сочинений Иоахима Флорского приписывать ему другие, которые таинственно указывали бы на события и на лиц XIII века. Метод Иоахима был сохранён, однако его идеи оказались искажены и заглушены». В отличие от пророческих идей Иоахима Флорского его богословские взгляды не вызывали большого интереса у теологов XIII–XIV вв.; из представителей высокой схоластики наибольшее внимание Иоахиму Флорскому уделил Фома Аквинский. Это во многом может быть связано с тем, что Фома Аквинский находился в Париже во время дискуссий о «вечном евангелии» и посчитал необходимым рассмотреть связанные с этим богословские затруднения. В жизнеописании Фомы Аквинского, составленном в 1520 гг. Вильгельмом из Токко, приводится рассказ, свидетельствующий о том, что во второй половине XIII в. Иоахим Флорский воспринимался многими, в том числе и Фомой Аквинским, как виновник возникновения различных ересей: «Поскольку эти еретики (речь идёт о представителях религиозного движения спиритуалов) черпали вдохновение из слов аббата Иоахима..., учитель (т.е. Фома) испросил в некоем монастыре книгу упомянутого аббата и после доставления прочитал её всю; когда он находил в ней нечто ошибочное или подозрительное, он осуждал это путём подчёркивания [таких мест], запретив читать и принимать всё то, что он упразднил своей учёной рукой». Впервые Фома Аквинский упоминает имя Иоахима Флорского в четвёртой книге обширного трактата «Scriptum super Sententiis» («Комментарий к “Сентенциям” Петра Ломбардского», 1156 г.). Обсуждая здесь вопрос о том, можно ли точно назвать время наступления конца света, Фома Аквинский даёт на него отрицательный ответ, рассматривая при этом ряд противоположных мнений, в том числе и связанных с иоахимитским движением. В частности, Фома Аквинский специально останавливается на том, существует ли однозначное «соответствие» между Ветхим и Новым Заветами, и отвечает: «Хотя состояние («status» – термин Иоахима Флорского) Нового Завета в общем смысле было прообразовано (praefiguratus) посредством состояния Ветхого Завета, совершенно нет необходимости, чтобы одному единичному [событию] соответствовало другое единичное событие, прежде всего потому, что во Христе исполнились все образы (figurae) Ветхого Завета..., [это относится] и к высказываниям аббата Иоахима, который, хотя и предсказал при помощи такого рода построений в отношении будущих событий что-то истинное, однако в чём-то ошибся». Имя Иоахима Флорского исследователи встречают также в трактате Фомы Аквинского «Contra impugnantes Dei cultum et religionem» («Против нападающих на почитание Бога и религию», 1156 г.), где Фома Аквинский рассказывает о появлении «вечного евангелия», которым, по мнению приверженцев этой книги, «является само учение Иоахима». Точно описывая историческую ситуацию, Фома Аквинский не говорит, что сам Иоахим Флорский считал свои сочинения «новым евангелием», но указывает, что такой статус им придали некоторые его последователи, в частности, автор «Введения» Герард.