Председательствовавший на нём епископ Арльский Флорентин участвовал в работе комиссии в Ананьи, где, как полагают исследователи, и познакомился с сочинениями Иоахима Флорского. Во введении к постановлениям Собора достаточно подробно и корректно излагается учение Иоахима Флорского о трёх эпохах и трёх родах людей, иоахимиты (ioachitici) обвиняются в умалении значения Нового Завета, в признании недостаточным спасения, совершённого Христом, и в ожидании «нового евангелия» Святого Духа. В постановлении также сообщается, что, хотя «евангелие Святого Духа» (т.е. сочинение Герарда) было осуждено Папским престолом, «основания этой чумы не были подвергнуты рассмотрению и не были осуждены, а именно – книги «Согласования» и другие иоахимитские книги (libri Joachitici)». В связи с этим в первом постановлении Собора под угрозой отлучения от церкви запрещается использовать и читать любые книги Иоахима Флорского и его последователей. Осуждение Герарда имело крайне негативные последствия для иоахимитов из францисканского Ордена. Вскоре после этого, в 1257 г., Иоанн Пармский под давлением папской курии был вынужден оставить пост генерала Ордена. Его обвиняли в создании иоахимитских сочинений и распространении идей Иоахима Флорского; по словам Салимбене Пармского, из-за приверженности «учению аббата Иоахима он стал ненавистен некоторым министрам, папе Александру IV», а также кардиналу Джованни Гаэтано (впоследствии папа Николай III). Новым генералом францисканцев стал Бонавентура, который в 1262 г. организовал процесс против Иоанна, в результате которого Иоанн был осуждён и сослан. Ещё одним ощутимым ударом по иоахимитскому движению стало наступление 1260 г., когда в соответствии с пророчествами должна была начаться новая эпоха; то, что эсхатологические ожидания не исполнились, намного уменьшило число сторонников учения Иоахима Флорского. Хотя позиции иоахимитов к началу 1260 гг. были значительно ослаблены, идеи Иоахима Флорского продолжали и позднее с интересом восприниматься миноритами; новый всплеск такого интереса был связан со становлением движения спиритуалов в 1270–1280 гг. Иоахимитские образы неоднократно появляются в посвящённых толкованию «Апокалипсиса» и раскрытию духовного смысла мировой истории сочинениях спиритуалов Петра Иоанна Оливи (ум. в 1298 г.), Убертино да Казале (ум. около 1329 г.), Ангела Кларенского (ум. в 1337 г.). В их трактатах учение Иоахима Флорского о мировых эпохах и его эсхатологические идеи причудливо переплетаются с представлениями об особой миссии францисканского Ордена, призванного открыть новую эпоху Святого Духа и вынужденного противостоять преследующим истинных нищенствующих монахов «антихристам», которые нередко отождествлялись с различными противниками спиритуалов, в том числе с Римскими папами Бонифацием VIII (1294–1303 гг.), Бенедиктом XI (1303–1304 гг.) и Иоанном XXII (1316–1334 гг.). Центральными мотивами иоахимитской литературы францисканцев этого времени становятся критика современного им папства и упадка церковной жизни; ожидание нового истинного папы, «ангельского пастыря», который восстановит справедливость; политические пророчества, связанные с фигурой «последнего императора».