Иоанн Парижский видел в государстве идеальную общность людей, существующую ради достижения «общего блага»; поскольку государство создано по примеру установленного в природе порядка, естественным и необходимым явлением в нём является полная и единоличная власть светского правителя. Глава католической церкви отвечает за решение вопросов духовной жизни, исправления нравов паствы. Церковная власть понимается как дуализм власти сана (т.е. имеющей сверхъестественное происхождение и восходящей ко Христу) и власти юрисдикции, переданной людьми духовному владыке. Первая предполагала исключительное право на совершение таинств и наложение епитимьи и была неотчуждаема от церкви. Вторая носила договорной характер и включала законодательную власть, право вмешиваться в дела светских государей, право на собственность и т.п. Право на собственность рассматривается Иоанном Парижским как дар мирских государей: с дозволения правителя, верховного судьи в светских делах, папа Римский может потребовать от христиан часть имущества для обеспечения деятельности и достатка церкви. При этом папа является не собственником, а лишь «распорядителем» церковных владений. Тезисы о естественном праве как основе государства и о добровольном подчинении подданных (паствы) светским и духовным владыкам позволили Иоанну Парижскому говорить о возможности низложения светского государя или Римского папы в случае, если те злоупотребляют властью и положением. Идеи, впервые высказанные Манегольдом Лаутенбахским и Иоанном Солсберийским, у Иоанна Парижского были развиты в концепцию «права сопротивления» («jus resistendi») народа. Тем самым Иоанн Парижский заложил идейную основу Соборного движения. В поздний период творчества Иоанн Парижский отошёл от учения Фомы Аквинского, что проявилось, прежде всего, в его трактовке евхаристии и пресуществления и стало причиной для обвинения богослова в ереси. Трактат «О пресуществлении хлеба и вина в таинстве алтаря» (1304/1305 г.) начинается с предисловия, в котором Иоанн Парижский предлагал рассмотреть свою трактовку доктрины пресуществления как одну из гипотез наравне с другими (он выражал готовность отречься от своих идей, если поднимаемый вопрос уже был определён какими-либо канонами или противоречит мнению Собора или папы Римского). Главным тезисом Иоанна Парижского является реальное (а не символическое) присутствие Тела Христова в таинстве евхаристии. Он развивал теорию «импанации», согласно которой после освящения хлеб и вино, уподоблённые Телу и Крови Христовым, теряют собственное бытие, но, соединяясь со Словом, продолжают сохранять свою субстанцию («хлебность»). По мнению Иоанна Парижского, в Святых Дарах сливаются воедино материальное и трансцендентное начала, природы тленных вещей совмещаются с Духом («non per conversionem in corpus, sed per assumptionem humanitatis in deum»). Наряду с богословскими вопросами Иоанн Парижский занимался проблемой повседневной практики исповедования монахов; этому вопросу посвящён трактат «Determinatio de confessionibus fratrum» («Определение, касающееся исповедей братьев», 1304 г.). Ему принадлежат работы по богословию и философии («Tractatus de unitate formarum», 1306 г.; «Quaestiones theologicae»; «De adventu Christi secundum carnem», 1300 г.), комментарии на аристотелевские «Super librum metheorum» («Метеорологика»), «Conclusiones totius libri Phisicorum» («Физика») и «Metaphysica» («Метафизика», не сохранилась) и компиляция, посвящённая «натуральной философии» в целом («Abbreviatio librorum naturalis philosophiae Aristotelis»), трактат «De yride» («О радуге»), медицинское сочинение «De complexionibus humani corporis» («О связях человеческого тела»).