В ранний период творчества под влиянием трудов Иоахима Флорского и Арнольда из Виллановы Иоанн Парижский написал трактат «Об антихристе». Основываясь на обширной традиции толкования предсказаний о приходе антихриста, доминиканец размышлял о его личности и возможном времени его появления. Согласно Иоанну Парижскому, антихрист должен родиться в Хоразине или в Вифсаиде и править в Капернауме, в нём должны сочетаться дьявольская и человеческая природа. Богослов последовательно отвергал все ранее названные даты пришествия антихриста и предлагал новую – 1569 г. В области политической теории исследователям наиболее известны трактаты «Изыскание о власти папы» и «О королевской и папской власти». Вопрос об авторстве «Изыскания...» долгое время оставался спорным, т.к. в известных латинских рукописях и раннепечатных изданиях трактата атрибуция отсутствовала. Она сохранилась лишь в одном из французских переводов-переложений «Изыскания...» в составе «Miroir historial abrégé de France» («Сокращённое историческое зерцало Франции», 1448–1461 гг.), источником для которого послужила, как полагают исследователи, более ранняя редакция текста, чем известные к настоящему времени рукописи; автором текста там неоднократно назван Иоанн Парижский. Историки политической мысли указывали, что взгляды автора «Изыскания...» близки к взглядам Иоанна Парижского, выраженным в трактате «О королевской и папской власти», вместе с тем отмечали первичность «Изыскания...» по отношению к сочинению «О королевской и папской власти». Это соотносится с предположительной датой написания «Изыскания...» – июнь 1303 г. Сочинение состоит из пролога, постановки вопроса, аргументов в поддержку папства и аргументов против власти папы (в разных редакциях их число и содержание не совпадает), заключения. Текст, написанный, как полагают исследователи, Иоанном Парижским, впоследствии был сильно переработан, что объясняет отсутствие сведений об авторе. Изложенные в этом сочинении тезисы, расширенные и изменённые, легли в основу трактата «О королевской и папской власти», авторство которого бесспорно признаётся за Иоанном Парижским. Сочинение «О королевской и папской власти» пользовалось большой популярностью как в XIV в., так и позднее: с 1506 по 1683 гг. произведение, в котором обосновывался тезис о независимости духовной и светской власти, выдержало шесть изданий. Трактат состоит из 25 глав, в первых десяти главах Иоанн Парижский описывает основные принципы, на которых зиждется светская и духовная власть, в главе 11 приводит 42 аргумента позиции сторонников папы в ходе спора 1303 г., в главы 12–20 опровергают их. Главы 20–25 представляют собой дополнения к основному тексту, они посвящены критическому разбору «Константинова дара», вопросу об отречении и низложении папы. Исследуя основы светской и духовной власти, Иоанн Парижский одним из первых сформулировал идею естественного права как основы власти, тем самым предвосхитив философию Уильяма Оккама и «парижской школы» деятелей Соборного движения в начале XV в. (Пьера д'Айи, Жана Жерсона и др.). Иоанн Парижский полагал, что в народе как в источнике власти сосредоточена «жизненная сила» государства, обеспечивающая его процветание и благоденствие. Согласие подданных подчиняться рассматривается в системе Иоанна Парижского как одно из условий легитимности светской и духовной властей.