В 1898 г. А.А. Израилев вернулся в Ростов, поселился в семье зятя, священника Рождественского монастыря Константина Александровича Спасского. Жил на скромную пенсию в 200 руб. в год (пенсия была назначена за службу при Ростовском городском училище) в постоянных трудах и молитвах. 20 мая 1901 г. А.А. Израилев переехал к дочери в Ярославль и планировал заняться определением тонов колоколов церкви Николы Надеина, но вскоре скончался. Отпевали А.А. Израилева в его любимой церкви Николы Надеина; службу совершал кафедральный протоиерей с 17 священниками. Поступили соболезнования от царской семьи, многих иерархов православной церкви, от папы Римского, от учёных и от научных обществ, из многих стран. В день погребения А.А. Израилева звонили все колокола Ярославля и Ростова. Согласно воле покойного, он был погребён в ростовском Богоявленском Авраамиевом монастыре, на его могиле был поставлен памятник из белого мрамора с вырезанной сценой моления о чаше и финифтяной вставкой. В настоящее время могила А.А. Израилева утеряна. В 2000 г. захоронение условно обозначено с юго-восточного фасада Богоявленского собора на территории восстанавливающегося монастыря. А.А. Израилев сделал много для устроения на Руси «колокольного звона благозвучного, на основе требований гармонии», он первым показал русским мастерам-литейщикам способ создания колокола как музыкального инструмента (так называемые гармонически подобранные колокола) и предложил исполнять на церковных колоколах мелодические звоны («Боже, царя храни», «Коль славен наш Господь в Сионе» и «Вечная память») – нововведения, не имевшие примера в русской церковной практике. Деятельность А.А. Израилева в этом направлении всегда оценивалась неоднозначно. Музыканты и исследователи западноевропейской ориентации либо люди, далёкие от традиций русского церковного искусства, приветствовали достижения «гармонического звона»: например, В.В. Стасов характеризовал деятельность А.А. Израилева как «блестящую». Однако знаток древнерусского музыкального искусства Сергей Гаврилович Рыбаков не считал верным путь настраивания колоколов для церковного звона «на немецкий образец» в простых мажорных и минорных трезвучиях, полагая, что характеру русского звона «весьма подходит кажущаяся ненастроенность колоколов». Русский философ Владимир Николаевич Ильин в статье «Эстетический и богословско-литургический смысл колокольного звона», писал, что всерьёз исполняемая на колоколах мелодия «производит впечатление чего-то крайне неуместного, мёртвого, фальшивого, искусственного и надуманного». Важное замечание о подточке колоколов сделал Николай Иванович Оловянишников: «Хотя таким способом возможно исправить ошибку главного тона (колокола), но при этом невозможно исправить добавочные тона (обертоны)». Ни один из «гармонически подобранных» наборов колоколов, выполненных А.А. Израилевым, не сохранился, споры по поводу пути «гармонизации» церковного звона продолжаются до настоящего времени. Труд А.А. Израилева «Ростовские колокола и звоны» – первое в России акустическое и музыкально-историческое исследование колоколов.