31 марта 1885 г. А.А. Израилев был возведён в сан протоиерея. 14 января следующего года закончилось 45-летнее служение А.А. Израилева в ростовском Рождественском монастыре (уволен за штат согласно собственному прошению «по трудности находиться в крестных ходах»). Переехал в Москву, с 30 сентября 1887 г. по 1892 г. служил в церкви при первой московской мужской гимназии. В 1892 г. поселился в Ярославле. А.А. Израилев продолжал заниматься настройкой колоколов для храмов Москвы, Санкт-Петербурга, Киева, Нижнего Новгорода, Крыма, Варшавы, Иерусалима и др. Подробное описание его работ по настройке церковных колоколов содержится в брошюре «Ко дню 50-летия служения во священном сане…». Последняя крупная работа А.А. Израилева по настройке колоколов («устройство гармоничного звона» 14 колоколов для церкви Александра Свирского села Ваулово Романово-Борисоглебского уезда Ярославской губернии летом 1893 г.) описана в местной прессе. 11 ноября 1886 г. А.А. Израилеву был пожалован золотой наперсный крест, украшенный драгоценными камнями, за настройку шести колоколов для церкви св. равноапостольной Марии Магдалины в Гефсимании. Колокола были отлиты на Ярославском заводе Оловянишниковых, на их представлении, которое состоялось 7 ноября 1886 г. на Красном дворе Академии Художеств, присутствовали великий князь Сергей Александрович, управляющий Придворной певческой капеллой Милий Алексеевич Балакирев (в качестве музыкального эксперта), конференц-секретарь Академии Художеств Пётр Фёдорович Исаев, заводчик Иван Порфирьевич Оловянишников и др. Гармоничный звон колоколов произвёл «весьма приятное впечатление». С 1884 г. А.А. Израилев был членом Ярославской губернской учёной архивной комиссии (ЯГУАК), много работал в архивах, публиковался в местной прессе на свои личные средства. В частности, в 1889–1890 гг. А.А. Израилев сделал переложение псалмов и духовных кантов Димитрия Ростовского для четырёх голосов, издал их со своим предисловием. В мае 1891 г. это издание было преподнесено великому князю Дмитрию Константиновичу, в ответ А.А. Израилев получил тёплое благодарственное письмо. Издание духовных кантов святителя Димитрия было одобрено Синодом для внеклассного пения учащихся духовных учебных заведений. В 1892 г., ко дню 50-летия служения в священном сане, в Санкт-Петербурге была издана книга, содержащая подробную биографию А.А. Израилева, его фотопортрет с именными наградами и перечисление основных трудов по колокольной акустике и церковной музыке. В 1893 г. А.А. Израилев сочинил, следуя традиции, новый праздничный звон для Большой звонницы Ростова, посвящённый 50-летию служения архиепископа Ярославского и Ростовского Ионафана (Руднева). Для нового звона потребовалось дополнительно разместить на звоннице соборный ясак и новый колокол, специально для нового звона отлитый и настроенный А.А. Израилевым на ярославском заводе Оловянишниковых (пожертвован для звонницы А.А. Израилева). А.А. Израилев обучил звонарей новому звону и 22 апреля 1894 г. «Ионафановский» звон был впервые исполнен после окончания поздней литургии.