Исследователям известны остатки храма Исиды на острове Бухен, сооружённого Яхмосом I. Действующий с Нового царства храм Исиды, владычицы пирамид, стал центром религиозной жизни в Гизе в I тыс. до н.э. Строительство храма Исиды в Бебит-эль-Хагаре в Дельте было начато Нектанебом I и Нектанебом II (30-я династия, 380–343 гг. до н.э.) и продолжено при Птолемеях. Сохранился птолемеевский храм Исиды на острове Филе (к югу от Асуана), строительство которого было начато в период правления Птолемея II и закончено в римское время. На стенах храма сохранились сакральные тексты, посвящённые Исиде. Культ Исиды на острове Филе сохранялся до 550 гг. н.э., затем был запрещён по распоряжению императора Юстиниана I. Распространение культа Исиды в Восточном Средиземноморье (в Палестине, на островах Эгейского моря и в материковой Греции) началось в доэллинистический период. Первые свидетельства культа Исиды в Аттике относятся ко второй половине IV в. до н.э. Ещё до завоевания Египта Александром Македонским египтяне, которые жили в афинском порту – Пирее, построили храм Исиды (упоминается в декрете 333 г. до н.э.). В эллинистический период Исида стала центральной богиней египетского пантеона, её культ распространился за пределы Египта. Из всех египетских богов наибольшую популярность в эллинистическом и римском Средиземноморье получили Исида, Гарпократ (Гор-ребёнок), Анубис и Серапис. Серапис фактически занял место Осириса в качестве пары Исиды. Известным центром почитания Исиды стал Делос, один из крупнейших торговых портов Эгейского моря. В III–II вв. до н.э. египетские божества имели почитателей не только на островах Эгейского моря и в портовых городах, но и в глубине материковой Греции и Малой Азии. В период эллинизма культ Исиды претерпел значительную трансформацию. Она становится вселенской богиней, покровительницей женского начала, символом супружеской верности и семейных добродетелей. Кроме того, её считали владычицей судьбы. Меняется её иконография. Наряду с фронтальными изображениями Исиды в облегающем платье и с египетскими символами в руках появляются изображения в греческом хитоне, гиматии, с пышной причёской. Исиду продолжают изображать матерью, кормящей грудью младенца Гарпократа, но по сравнению с эпохой фараонов в более свободной манере. Представления об Исиде в эпоху Птолемеев отчасти известны исследователям благодаря так называемому архиву Гора – открытому в 1965 г. в Саккаре собранию демотических остраконов египетского писца и жреца Гора, современника Птолемея VI Филометра. Среди текстов архива сохранились молитвы к Исиде, записи снов, в которых жрец видел Исиду. От эллинистического периода сохранилось шесть греческих ареталогий Исиды, их корни, по мнению некоторых исследователей, уходят в египетскую демотическую традицию. Одна из ареталогий сохранилась в изложении Диодора Сицилийского, по словам Диодора, она была переведена с египетского оригинала. В ареталогиях Исида представлена не только как защитница царя, но и как покровительница всего человеческого рода. В эллинистических гимнах Исида – учредительница законов, ремёсел, создательница плодов земледелия, космическая богиня и избавительница от земных невзгод.