Вернувшись в свою общину, Иоанн с помощью монаха Филомера ввёл в ней устав Макария Великого. Вскоре подвижника навестила мать, но он, памятуя об аскетическом призвании, вышел к ней лишь на короткое время. Дальнейшее повествование Ионы посвящено устроению монастыря и чудесам святого, который представлен как щедрый благотворитель и обличитель неправедных. Согласно Житию, одно из чудес Иоанна было совершено во время войны короля франков Теодеберта I с остготами (536 г.). Сведения агиографа о том, что после вторжения в Италию Теодеберт I поручил ведение военных действий дуксам Муммолину (Муммолу) и Букцелину, подтверждаются Григорием Турским и Павлом Диаконом. По свидетельству Ионы, слава Иоанна как аскета и чудотворца распространилась по всей державе франков, и в его монастырь приходили монахи. Святой скончался 28 января в возрасте примерно 120 лет и был погребён в указанном им самим месте близ монастыря (aut procul a cenobio infra terminos monasterii). Преемником Иоанна стал аббат Сильвестр, которому наследовал Муммолин, избранный затем епископом города Лингоны (упоминается в 581 и 585 гг.). Муммолин назначил своим преемником Леобардина, который перенёс мощи Иоанна в церковь. Заключительная глава Жития посвящена этому событию, которое произошло 22 сентября, в день памяти св. Маврикия. Во время открытия мощей некий старец увидел Иоанна и его преемника Сильвестра, облачённых в белоснежные ризы и стоявших около саркофага. По мнению ряда исследователей, Житие Иоанна является ценным источником по истории раннего монашества в Галлии, однако некоторые указания агиографа остаются для исследователей не вполне ясными. Так, Иона утверждает, что Иоанн начал вести отшельническую жизнь «в то время, когда Галлией под имперской властью управлял консул Иоанн» (quo Gallias sub imperii iure Iohannes consul regebat). Консулы с именем Иоанн известны исследователям в 456 и 467 гг., однако оба они были связаны с Восточной Римской империей. Как предположил Б. Круш, агиограф подразумевал не римского консула, а не известного по другим источникам консулария (презида) Первой Лугдунской провинции. Упоминание о том, что Иоанн организовал монашескую общину во избежание господства «чужаков» (quam aliis imperando dominari), «прикрывающихся аскетическими устремлениями» (sub obtentu religionis), исследователи связывают с нестабильной политической обстановкой в Галлии второй половины V в. Упадок традиционных институтов имперской власти и расселение варварских племён, лишь формально зависимых от императора, способствовали росту влияния местных вождей из числа галло-римской аристократии, опиравшихся на созданные ими военные отряды. В дальнейшем агиограф даёт отрицательную характеристику некоторым из таких локальных лидеров. По мнению исследователей, Иона подразумевал, что подвижники, организовав монашескую общину, подчинялись непосредственно епископу, который мог оградить их от незаконных притязаний.