Преемник Вильгельма Гельдрик (ум. в 1009 г.), другой ученик св. Майоля, был также аббатом монастырей св. Германа в Осере и св. Петра во Флавиньи. Присоединение монастыря Мутье-Сен-Жан к конгрегации Клюни способствовало распространению почитания Иоанна, а также расширению контактов с другими монастырями Франции. Аббат Бернард II (1109–1133 гг.) привлёк к перестройке обители мастеров из Клюни. В XII в. Мутье-Сен-Жан стал одним из наиболее крупных и богатых монастырей Бургундии. В 1567 г. монастырь был разграблен гугенотами, которые осквернили мощи Иоанна, однако аббатство было восстановлено и оставалось известным местом паломничества. Последние записи чудес от мощей Иоанна относятся к первой половине XVII в. В 1635 г. по указанию кардинала Франсуа де Ларошфуко обитель была включена в состав конгрегации мавристов. В 1638 г. кардинал подарил монастырю новый реликварий для главы Иоанна. Во время Французской революции 1789–1799 гг. монастырь был закрыт, его основные постройки разрушены, остальные проданы в частное владение. После закрытия монастыря мощи Иоанна передали в приходскую церковь св. Павла в селении Мутье-Сен-Жан, в 1842 г. они были освидетельствованы Дижонским епископом Франсуа Риве. Впоследствии бóльшая часть мощей Иоанна была передана в другие церкви; в Мутье-Сен-Жан хранится реликварий с частью главы святого. В Дижоне особо почитались родители Иоанна – Иларий и Квиета. Григорий Турский упоминал о саркофаге св. Илария в базилике св. Бенигна. Согласно Григорию Турскому, этот Иларий был знатным галльским сенатором, владевшим землями вокруг города Дивион (ныне Дижон), при жизни отличался благочестием и строгим целомудрием в браке. После кончины вдовы Илария её похоронили в саркофаге мужа, который, «как живой, обнял тело супруги». На основе этой истории Григорий Турский составил поучение о значимости супружеской верности и любви. Несмотря на то, что Григорий Турский не сообщает имена супруги святого и их детей, впоследствии Илария отождествили с отцом Иоанна, а его жену – с матерью Иоанна Квиетой. По мнению исследователей, это произошло в начале XI в. в связи с деятельностью св. Вильгельма из Вольпиано, аббата монастырей св. Бенигна в Дижоне и Мутье-Сен-Жан. Согласно хронике монастыря св. Бенигна (вторая половина XI в.), саркофаг Илария и Квиеты находился рядом с гробницей св. Бенигна в крипте монастырской церкви, сооружённой аббатом Вильгельмом. Однако в другом месте хронист называет супругу Илария Флоридой (это имя носила другая местная святая, чьи мощи также покоились в крипте). Гробница Илария, почитание которой продолжалось ещё в XVIII в., была утрачена после разорения церкви св. Бенигна во время Французской революции. В настоящее время некоторые исследователи отвергают гипотезу об отождествлении св. Илария с отцом Иоанна.