Исследователи предполагают, что Иоанн не одобрял игуменства ктиторов. При этом новгородский княжеский летописец внимательно и благожелательно отмечал факты, связанные с Антониевым монастырём (первоначально летописание в Новгороде было княжеским; замена княжеского летописания владычным, по мнению А.А. Гиппиуса, произошла при Нифонте в 1132 г.). Исследователи отмечают активизацию борьбы Новгорода с соседними языческими племенами в период управления Иоанном епархией. По мнению исследователей, она проходила по благословению архиерея. В 1111 г. князь Мстислав Владимирович совершил поход «на Очелу» (против языческих племён чуди на территории современной Эстонии). В 1113 г. он «победи на Бору Чюдь» (Новгородская первая летопись). В 1116 г. был предпринят новый поход на чудь, во время которого 9 марта был взят город Медвежья Голова (Оденпе). В том же году были заложены каменные крепости в Новгороде («болии пьрваго» князем Мстиславом) и в Ладоге (местным посадником Павлом). Весной в 1124 г. князь Всеволод Мстиславич ходил походом на финские племена емь (исследователи полагают, что в 1123 г. Иоанн венчал князя, который «оженися... Новегороде»). В начале весны 1130 г. («зиме, в говение») Всеволод Мстиславич вновь ходил походом на чудь. Ряд исследователей считают возможным относить ко времени княжения Всеволода и, таким образом, как полагают исследователи, ко времени управления Иоанном Новгородской епархией некоторые установления двух важных для Новгорода законодательных документов, несомненно, принятых князем в согласии с архиереем, – Устава князя Всеволода о церковных судах, людях и мерилах церковных и Уставной грамоты князя Всеволода церкви св. Иоанна Предтечи на Опоках («Рукописание кн. Всеволода»). В сохранившемся виде оба акта датируются исследователями более поздним временем. Первый восходит к документу начала 1180 гг. или 1220 гг.; второй, как полагают исследователи, был создан на рубеже XIII и XIV вв. Позднейшее предание относит ко времени архиерейства Иоанна появление близ Новгорода «на Липне», недалеко от восточного берега озера Ильмень, чудотворной иконы святителя Николая на круглой доске, приплывшей из Киева в Новгород (построенный на месте обретения иконы храм стоит на возвышенности, в половодье со всех сторон окружён водой). В Новгородской третьей летописи 1673 г. сообщается, что в 1113 г. «образ Николы, чюдотворца Мирликийскаго, приплыл ис Киева в Великий Новград, дска круглая, и взяли на Липне, при епископе Иоанне; и тое икону устроиша в том превеликом храме на Ярославле дворище, в церкви». Однако более раннее, возникшее, как полагают исследователи, при архиепископе Евфимии II в середине XV в. предание о чудотворной иконе святителя Николая, об исцелении князя Мстислава и об основании Николо-Дворищенского собора, дошедшее в рукописях не раньше конца XVII – начала XVIII вв., не упоминает Иоанна, относя названные взаимосвязанные в изложении предания события ко времени Новгородского епископа св. Никиты. В 1130 г. Иоанн «отвьржеся... Новагорода, и поставиша архепископа Нифонта, мужа свята и зело боящяся Бога» (Новгородская первая летопись).