В списке Новгородских владык, предшествующем Комиссионному списку Новгородской первой летописи (восходит к новгородскому владычному своду конца 1160 гг.), говорится, что «Иван Попьян, седев 20 лет, отвержеся архиепископья; сего не поминают» (Новгородская первая летопись). В перечне Новгородских архиепископов в статье под 989 (6497) г. данного списка говорится более кратко: «Иоанн Попиан, тъ, седив 20 лет, отвержеся архиепискупьи». Причины оставления Иоанном кафедры исследователи ищут в особенностях жизни Новгородской земли в первой трети XII в., когда общественно-политическое устройство Новгорода коренным образом менялось: началось становление института выборного посадничества, полномочия которого заметно ограничивали княжескую власть, произошло обретение Новгородом «вольности в князьях». По мнению В.Л. Янина, именно при Всеволоде Мстиславиче, а не в результате его изгнания в 1136 г., как традиционно считалось в науке, в Новгороде сформировалось посадничество нового типа. Этим процессам в немалой степени способствовала позиция Мстислава Владимировича и зависимого от него в своей политике Всеволода Мстиславича, которые стремились сделать Новгород, как и Киев, наследственным владением, что приводило как к усилению попыток контролировать Новгород из Киева, так и, напротив, к политическим уступкам князей новгородскому боярству. Одной из важнейших уступок стало согласие на поставление посадников из новгородцев. В 1120 гг. князь Всеволод и новгородцы боролись за право поставлять посадников. В 1120 г. из Киева в Новгород был прислан посадник Борис, в 1126/1127 г. новгородцы «вдаша посадничество» своему ставленнику Мирославу Гюрятиничу, затем посадником стал близкий родственник князя Мстислава новгородец Завид Дмитрович. После его смерти в Новгороде отказались принять присланного из Киева Данилу. Исследователи полагают, что для решения этого вопроса князь Всеволод в 1130 г. отправился к занимавшему киевский стол отцу, который, как можно думать, согласился на то, чтобы посадничество получил новгородец Петрила Микульчич. Исследователи предполагают, что в Киев Всеволода Мстиславича сопровождал Иоанн Попьян, который, вероятно, поддерживал князя, который являлся покровителем Новгородской кафедры. Другой причиной поездки Новгородского архиерея могло быть участие во встрече прибывшего в Киев летом 1130 г. митрополита Михаила (глава Русской церкви после скончавшегося в 1126 г. митрополита Никиты). В Киеве Иоанн в присутствии митрополита отказался от кафедры. Причиной этого поступка, по мнению исследователей, стал конфликт Иоанна с новгородцами вследствие поддержки епископом князя Всеволода. Впоследствии, при новом Новгородском епископе Нифонте, как полагают исследователи, противнике князя Всеволода (арестованные по решению новгородского веча в 1136 г. князь и его семья содержались в заключении на епископском дворе), самовольное оставление Иоанном кафедры было расценено как каноническое преступление и повлекло за собой невключение имени Иоанна в синодик Софийского собора, позднее упоминания Иоанна были исключены из владычной летописи. Исследователи считают неправомерной точку зрения Александра Евгеньевича Мусина, который вслед за Михаилом Николаевичем Тихомировым видит причину ухода Иоанна с кафедры в противоречиях между князем и епископом по вопросу о материальном снабжении церкви (о существовании таких противоречий во время Иоанна исследователям неизвестно).