В искусстве Нового времени единоличные изображения Иоанна исследователи встречают, например, в живописном и иконописном вариантах в храмах Валаамского монастыря и его скитов (в настоящее время в Нововалаамском монастыре в Финляндии; по описи 1942 г.). На одной из них, исполненной в 1850 г. в столичной мастерской Макария Самсоновича Пешехонова (Преображенский собор монастыря), Иоанн стоит прямолично, в архиерейской мантии, омофоре и белом клобуке, с Евангелием и жезлом в руках. Уникальный сюжет запечатлен на иконе «Видение святителю Иоанну Новгородскому иконы Богоматери» конца XVIII в. (частное собрание). Иоанна часто писали в составе минейных циклов, например, на невьянской минейной иконе на сентябрь-октябрь 1802 г. (музей «Невьянская икона»), на минее на сентябрь иконописца Терентия Ивановича Гагаева (?) первой половины XIX в. (частное собрание) – во втором ряду, в красной фелони, синем подризнике, епитрахили, с Евангелием. Под 7 сентября (вместе с мучеником Созонтом) Иоанн в мантии, омофоре и митре, с жезлом или с чётками в руке помещён на гравированных святцах 1714 и 1722 гг. Григория Павловича Тепчегорского, 1734 г. Алексея Фёдоровича Зубова и др. (раскрашенные экземпляры Российской государственной библиотеки). Изображение Иоанна входит в композиции, представляющие чудо от иконы Божьей Матери «Знамение» (1170 г.), которое становится самостоятельным сюжетом новгородских икон со второй половины XV в. Уже в Житии Иоанна, включённом в Великие Минеи Четьи, подчёркивалось общерусское значение празднования новгородской святыне. Исследователям известны семь подобных икон XV–XVII вв.; они воспроизводят общую композиционную схему в два–три регистра, хотя и отличаются в деталях. Уже на двух древнейших иконах, написанных в Новгороде (первая половина XV в., Третьяковская галерея; вторая половина XV в., Новгородский областной музей-заповедник), Иоанн представлен в верхнем ряду дважды: в числе клириков, «поднимающих» образ Богоматери в храме Спаса Преображения на Ильине улице, и в составе крестного хода, сопровождающего икону по мосту через Волхов. Образ святителя выделен нимбом, крещатой фелонью, белыми ризами; он без клобука, с русыми волосами и клиновидной бородой средней длины. Вариант имеется на иконе с двумя регистрами конца XVI в. (?) из собрания Виктора Михайловича Васнецова (позднее – Татьяны Алексеевны Мавриной, Музей изобразительных искусств имени А.С. Пушкина, Музей личных коллекций): Иоанн изображён в составе процессии на мосту, на нём белая митра, крещатые ризы, в руках крест и кадило. Иногда изображение Иоанна отмечено аббревиатурой «IOA» на нимбе, как на иконе из церкви Успения Пресвятой Богородицы села Курицка близ Новгорода (первая половина XV в., Третьяковская галерея). Исследователям известна прорись с иконы XVI в. Эта схема встречается на иконах XVII–XVIII вв., где к атрибутам Иоанна может быть добавлен посох, как на иконе из церкви Успения Пресвятой Богородицы на Торгу в Новгороде, известной по акварели Фёдора Григорьевича Солнцева (не сохранилась). На иконах позднего времени история чуда от иконы «Знамение» представлена большим количеством сцен. Среди них есть такие, в которых святитель изображён с иконой над воротами осаждённого города, как в клейме на раме иконы Божьей Матери «Знамение» из церкви пророка Илии в Ярославле (1680 гг., Ярославский художественный музей).