Одна из перестроек связана с именем византийского императора Константина IV Погоната (668–685 гг.). Сохранились и фрагменты мозаичных полов с геометрическим орнаментом. Рядом находится подземная сводчатая крипта, в которой хранились мощи Исидора и мученицы Миропии. О чудесах от гробницы Исидора упоминал Григорий Турский. В Житии преподобного Маркиана, эконома храма Святой Софии в Константинополе (ум. между 471 и 474 гг.), говорится, что он отремонтировал церковь во имя Исидора в столице, и что в этом храме была помещена часть мощей святого, перенесённая в Константинополь между 457 и 460 гг. Другая церковь во имя Исидора в Константинополе была построена в правление императора Юстина I (518–527 гг.) Исидором, братом патрикия Еввула. При ней находилась богадельня. В VIII в. в Риме во имя Исидора была построена церковь между Тибуртинскими воротами и церковью св. Евсевия. Русский игумен Даниил в начале XII в. видел мощи Исидора на Хиосе («Хожение» игумена Даниила в Святую Землю в начале XII в. СПб., 2007 г.). В 1125 г. венецианцы увезли мощи Исидора c Хиоса и поместили их в соборе св. Марка, устроив капеллу во имя мученика и установив праздник перенесения мощей 16 апреля. Из Венеции часть мощей Исидора попала в Сару в Каталонии. Этот святой почитается в Средиземноморье как покровитель моряков. В 1200 г. Новгородский архиепископа Антоний видел в Константинополе в Большом дворце мраморный столб (к которому, по сведениям этого автора, Исидор был привязан и брошен в море, но затем вышел из воды невредимым), а также часть мощей Исидора. В ряде латинских календарей (в Мартирологе Иеронима Стридонского, во второй редакции Мартиролога Флора Лионского, в Мартирологе Адона Вьеннского) память Исидора отмечена 14 мая в соответствии с византийскими Синаксарями, в других – 15 мая (в латинских Мартирологах Узуарда, Ноткера Заики, Римском Мартирологе кардинала Цезаря Барония и сирийском Мартирологе Раббана Слибы). Кроме того, память Исидора встречается 5 февраля в некоторых византийских календарях и в Римском Мартирологе. Исследователи предполагают, что эта дата установлена в память перенесения мощей Исидора в Константинополь. Память Исидора отмечается в иерусалимском Лекционарии V–VIII вв., который сохранился в грузинском переводе, 11 мая. В этот день назначается общее последование святому. В Типиконе Великой церкви IX–XI вв. память Исидора отмечается 14 мая; назначается общее последование Исидору и другим мученикам, память которых также совершается 14 мая: на Пс. 50 поётся тропарь «Страстоносцы святые…», прокимен Пс. 67:36 со стихом, аллилуиарий Пс. 96:11; чтения: Деян. 12:1–11, Ин. 15:17–16:2. В Студийско-Алексиевском Типиконе 1034 г. Исидор не упоминается, однако в рукописных славянских Минеях студийской традиции (например, Исторически музей, XI–XII вв.) 14 мая содержится последование Исидору, состоящее из канона, цикла стихир-подобнов, седальна.