В начале 1890 гг. некоторые знавшие пожилого архиерея воспринимали его как «человека без всякого направления, оппортуниста». По свидетельству современников, на престарелого Исидора существенное влияние оказывала некая М.И. Деккер, лютеранка, «для спекуляции» перешедшая в православие. Её влияние на ход епархиальных дел, денежные махинации и т.п. вызывали тревогу как у чиновников обер-прокуратуры, так и у великосветского Санкт-Петербурга. Московский митрополит Леонтий (Лебединский) говорил об этом Исидору, но тот ответил: «Дай мне умереть». Тертий Иванович Филиппов заметил, что «Россию Господь наказывает долголетием митрополита Исидора». После кончины Исидора у М.И. Деккер оказались его бумаги и дневник, которые лишь под угрозой обращения в полицию Синод сумел получить от неё. Современники отмечали влияние на доверчивого архиерея окружавших его мирянок: некой Селезнёвой (урождённой Юревич), графинь Цукато и Дубельт, баронессы Лизандер, которая называла себя «адъютантом» Исидора, графини Юлии Станиславовны Бобринской (урождённой Юноша-Белинской), а также начальницы Исидоровского училища А.А. Слепцовой и основательницы Введенской общины в Киеве Матроны Александровны Егоровой (см. Димитра (Егорова), монахиня), что послужило поводом к написанию Виктором Ипатьевичем Аскоченским басни-эпиграммы. При этом к В.И. Аскоченскому Исидор относился доброжелательно и одобрял его критику архимандрита Феодора (см. Бухарев  Александр Матвеевич). В поздний период жизни Исидор проявлял преувеличенный интерес к мистическим явлениям и разного рода откровениям и предсказаниям (в течение жизни Исидор избежал 19 случаев смертельной опасности). Последние годы жизни почти не покидал лавру. Будучи в добром здравии, старался практически ежедневно молиться на ранних обеднях в крестовой церкви, строго соблюдал посты. До последних дней отличался высокой работоспособностью, приступал к разбору бумаг в 5–6 часов утра, любил повторять: «Ничего не ищи и ни от чего не отказывайся». Резкое ухудшение здоровья Исидора произошло с 6 на 7 сентября 1892 г. Утром 7 сентября Исидор после причащения Святых Таин скончался в своих покоях в присутствии епископа Ладожского Николая (Налимова) и наместника лавры. 11 сентября в Троицком соборе Александро-Невской лавры совершили отпевание Киевский митрополит Иоанникий (Руднев), Московский митрополит Леонтий, Волынский архиепископ Модест (Стельбицкий), Холмско-Варшавский архиепископ Флвиан (Городецкий), Псковский епископ Гермоген (Добронравин), Камчатский  епископ Гурий (Буртасовский), Герман (Осецкий), Воронежский епископ Анастасий (Добрадин), Выборгский епископ Антоний (Вадковский), Ладожский епископ Николай, Нарвский епископ Никандр (Молчанов) при участии 30 архимандритов и 120 протоиереев и иереев, в присутствии великой княгини Марии Павловны, великого князя Сергея Александровича, великой княгини Елизаветы Фёдоровны, великих князей Константина и Дмитрия Константиновича. Исидор был погребён на правой солее Исидоровской церкви Александро-Невской лавры под иконой Спасителя. В 1932 г., после закрытия церкви, останки Исидора были перенесены на Никольское кладбище лавры и захоронены в его братской части. В 1988 г. на предполагаемом месте перезахоронения установлен деревянный крест.