Исидор одет в лиловую рясу и клобук, на груди – панагия и три орденские звезды (справа), на кисти левой руки – чётки, правая лежит на столе. В 1912 г. для лаврских покоев митрополита художник П. Клименко написал ещё один портрет Исидора в свободной живописной манере (Киево-Печерский музей-заповедник). В Валаамском монастыре хранилась картина художника Петра Ивановича Балашова 1863 г. с изображением молебна, совершённого Исидором в обители 6 августа 1862 г. «по случаю водружения новых крестов на соборном монастырском храме» (упоминается в описях 1912 и 1942 гг.; пожертвована А.П. Никитиной в 1875 г.). Современное изображение Исидора с наградами на груди (1990 гг.) имеется в составе комплекса портретов Санкт-Петербургских митрополитов в портретном зале Митрополичьего корпуса Александро-Невской лавры. Исследователям известны несколько портретов Исидора на эстампах, они повторяют иконографические варианты живописных портретов. Погрудное гравированное изображение Исидора (1870 гг., Церковно-археологический кабинет Московской духовной академии) вполоборота вправо, в мантии и клобуке заключено в овал и обрамлено коричневой рамкой с цветочным орнаментом; внизу факсимиле автографа: «Исидоръ Митрополитъ» (исследователи полагают, что именно эта гравюра на стали указана в книге: Ровинский. «Словарь гравированных портретов», том 2). Литография Петра Фёдоровича Бореля отпечатана в мастерской Андрея Ивановича Траншеля (1860 г., Исторический музей, Церковно-археологический кабинет Московской духовной академии) в год назначения Исидора в Санкт-Петербургскую епархию: поколенное изображение благословляющего архиерея в мантии и клобуке, жезл высокий, с тёмным сулоком. К этому же типу исследователи относят портрет Исидора 1862 г., изготовленный в литографии Алексея Викуловича Морозова в Москве (Российская государственная библиотека). Высоким уровнем исполнения отличаются литографированные портреты Исидора 1866 г. мастерской А. Руднева в Москве (Исторический музей, Российская государственная библиотека; Исидор с книгой и чётками в руках) и П.Ф. Бореля с фотографии А.С. Муренко в Санкт-Петербурге (около 1865 г., Исторический музей, Церковно-археологический кабинет Московской духовной академии; Исидор с наградами и крестом в память Крымской войны); последний был отпечатан для издания Александра Эрнестовича Мюнстера «Портретная галерея русских деятелей» (СПб., 1865 г., том 1: Сто портретов с биографиями). По мнению исследователей, на основе фотографии в последней трети XIX в. был создан также эстамп из собрания Фёдора Михайловича Плюшкина (Русский музей), на котором Исидор представлен в кресле, с чётками в руке. Литография с портретом Исидора находилась в ряду изображений архиереев и подвижников в приёмной комнате Макария Оптинского. Эстампы или воспроизведения портретов Исидора (в том числе работы И. Матюшина) помещались в различных изданиях. Изображения Исидора, возглавлявшего в августе 1861 г. торжества открытия мощей Тихона Задонского, встречаются на гравюрах и литографиях, запечатлевших эти события (например, на московских литографиях 1861 г. Е. Яковлева и 1872 г. П. Глушкова, Исторический музей). Однако фигуры архиереев в таких композициях, как правило, условны и лишены индивидуальной характеристики, даже если их имена упомянуты в тексте под эстампом.