Фотографии и портреты Исидора были известны и широко распространены, поскольку он возглавлял столичную кафедру и являлся первенствующим членом Святейшего Синода. Один из снимков, например, выполнен в фотомастерской Валаамского Преображенского монастыря в 1863 г. (упоминается в описи 1942 г. вывезенного в Финляндию имущества Валаамской обители), другие хранятся в фондах Российской государственной библиотеки, Белозерского областного краеведческого музея. Исследователи отмечают, что на живописных портретах и эстампах облик Исидор хорошо узнаваем: широкое лицо с крупными чертами, длинные русые волосы, лежащие прядями на плечах, очень узкая короткая борода с проседью. Как правило, он представлен благословляющим, в архиерейской мантии или в рясе и клобуке, с наградами. Наиболее ранний парадный живописный портрет создан художником Гавриилом Ивановичем Яковлевым в 1861 г. (Государственный Эрмитаж), т.е. вскоре после назначения Исидора митрополитом Новгородским и Санкт-Петербургским. Портрет находился в древлехранилище Александро-Невской лавры. Исидор изображён в интерьере с колонной (на её базе – подпись автора и дата), почти поколенно, в небольшом повороте вправо, пальцы правой руки сложены в благословляющем жесте, в левой – жезл с навершием в виде посоха и со светлым сулоком. Митрополит в синей рясе, в архиерейской мантии фиолетового цвета и в светлом, расшитом золотом омофоре, на голове – белый клобук с алмазным крестом, на груди – панагия с образом Иисуса Христа, крест с камнями, ордена св. Александра Невского (с алмазными знаками), св. Владимира второй степени, греческий орден Спасителя Большого Креста, который Исидор получил незадолго до исполнения портрета. На подписном поколенном портрете 1876 г. из Митрополичьего корпуса Александро-Невской лавры Исидор представлен почти фронтально, с немного разведёнными в стороны руками (благословение именословное, в левой руке – высокий жезл со змеевидным навершием и с белым сулоком). Иерарх облачён в коричневую рясу, тёмно-голубую архиерейскую мантию с красными скрижалями, на голове – белый клобук, на панагии – образ Спаса Нерукотворного; орденские знаки и звёзды св. Андрея Первозванного (с алмазами) и св. Владимира. К этому же типу принадлежит поясной копийный портрет Исидора 1893 г., предположительно выполненный с оригинала середины XIX в. (Киево-Печерский музей-заповедник). Фигура благословляющего Исидора в мантии и клобуке, с панагией и орденской звездой на груди закомпонована в овал; сулок на жезле декорирован цветочным орнаментом. Для конгрегационного зала Киевской духовной академии в 1860 гг. был написан портрет Исидора (Киево-Печерский музей-заповедник), сидящего за столом вполоборота вправо, в синей рясе и белом клобуке, с наградами, в руках – книга и чётки. Близкий по иконографии поясной портрет митрополита в овале хранится в Нововалаамском монастыре в Финляндии (после 1883 г., предположительно из древлехранилища Валаамского монастыря). Исидор изображён с двумя панагиями, крестом, орденами св. Андрея Первозванного и св. Владимира, рук не видно, борода седая. На портрете последней трети XIX в. из митрополичьих покоев Киево-Печерской лавры (Киево-Печерский музей-заповедник)