В 1878 г. Исидор подарил библиотеке Санкт-Петербургской духовной академии ценную коллекцию из 49 рукописей, содержавших богословские тексты, положения о церкви и её учреждениях, в том числе за пределами России, о миссионерской и об учебной деятельности, материалы по церковной и гражданской истории (каталог был опубликован в издании: «Сердечный привет». 1885 г.). В 1893 г. наследники Исидора пожертвовали Санкт-Петербургской духовной академии его обширную библиотеку (в основном, русские книги и 54 рукописи). За всю историю Санкт-Петербургской епархии период управления Исидора – самый длительный. Он совершил архиерейские хиротонии 138 человек, в том числе будущего Иерусалимского патриарха Никодима I, Николая Японского и своих преемников на столичной кафедре Палладия (Раева), Антония (Вадковского) и Владимира (Богоявленского), участвовал также в пяти хиротониях. 58 лет он был архиереем, 32 года – первенствующим в Синоде, присутствовал при последнем посещении лавры императором Александром I, принимал участие в коронационных торжествах императора Александра II, короновал императора Александра III, участвовал в праздновании 900-летия Крещения Руси (1888 г.). В течение многих лет Исидор пользовался заслуженным авторитетом в церковных и придворных кругах, с позицией митрополита считались обер-прокурор и столичная бюрократия. Современники отмечали тактичность, спокойный и уравновешенный характер Исидора проницательный ум, склонность к юмору и иронии (в частности, Исидор придумал прозвище Притычкин для будущего обер-прокурора Синода В.К. Саблера за его вмешательство во все церковные дела). Со слов митрополита Антония (Храповицкого), епископ Никон (Рклицкий) характеризовал Исидора как «иерарха безупречной строгой жизни..., типичного представителя кастового духовенства». В отличие от других мемуаристов, указывавших на «глубокое чувство законности», которое было свойственно Исидору, и на отсутствие в его характере «архиерейского деспотизма» (хоть он и не прочь был «смирить» строптивых священников, например, Михаила Яковлевича Морошкина), лишь митрополит Антоний вспоминал, что в отношении подчинённого духовенства Исидор «держался недоступно, величественно и несколько грубо. В Академии, высшим попечителем которой он был, бывал весьма редко». Исследователи отмечают, что такому мнению противоречит тот факт, что 5 октября 1866 г. «за архипастырское попечение о духовно-учебных заведениях Санкт-Петербургской епархии» он был удостоен Высочайшей благодарности. Исидор сначала не разрешил хоронить Фёдора Михайловича Достоевского в Александро-Невской лавре, заявив, что он «простой романист, ничего серьёзного не написал» и «демонстрации нежелательны в стенах лавры». Однако К.П. Победоносцев, ценивший иерарха, переубедил его, и митрополит распорядился совершить безвозмездное погребение писателя на Тихвинском кладбище лавры. Не сложились отношения Исидора с Иоанном Кронштадтским, который в 1890 г. вспоминал, что за 30 лет митрополит ни разу не встретил его «по-отечески, добрым словом или взглядом, а всегда унизительно, со строгостию и суровостию».