Некоторые проповеди протоиерея И.Я. Богоявленского, застенографированные его слушателями, продолжают издаваться. С 1930 по 1940 гг. редактировал выходивший в Таллинне журнал «Православный собеседник». Преподавал Закон Божий в таллиннских русских учебных заведениях. Был лектором Русского народного университета в Тарту. Разработал учебное пособие по преподаванию Закона Божия для русских детей в эмиграции. Активно участвовал в работе Русского студенческого христианского движения (РСХД). Возглавлял делегацию от Эстонии на первом Прибалтийском съезде РСХД в Спасо-Преображенской пустыни под Елгавой (Латвия) в августе 1928 г. Был председателем Ревельского отделения РСХД. В 1936 г., после передачи Александро-Невского собора эстонскому православному приходу, стал настоятелем таллиннского храма во имя святых Симеона и Анны, куда был перемещён русский приход Нарвской епархии. В 1938 г. основал трёхлетние богословско-пастырские курсы на русском языке (действовали до 1940 г.). В числе их выпускников был, в частности, священник Михаил Ридигер, отец патриарха Алексия II. Алексей Ридигер (впоследствии патриарх) с шестилетнего возраста прислуживал в храме под руководством протоиерея И.Я. Богоявленского, о котором сохранил воспоминания как о «достойнейшем труженике на ниве Божьей, продолжателе лучших пастырских и духовно-просветительских традиций», «человеке глубокой веры и очень большого духовного и жизненного опыта». По воспоминаниям современников, был большим молитвенником, для молитвы часто оставался в храме после службы. Во время Великого поста прихожане часто исповедовались у него дома, обсуждали с ним свои жизненные проблемы. В 1939 г. протоиерей И.Я. Богоявленский опубликовал в «Православном собеседнике» первую часть своей работы «Изъяснительные записки на Православный Символ Веры». Работа, имевшая цель дать наставления, как приобрести познания в вопросах церковной веры, объяснить основы церковного мировоззрения, была особенно актуальна в то время как из-за усиления атеистической пропаганды, так и из-за стремления к вере прежде нерелигиозных людей. Опубликованная часть охватывала содержание первого из 12 членов Никео-Константинопольского Символа веры: «Верую во единаго Бога Отца Вседержителя, Творца небу и земли, видимым же всем и невидимым». По мнению протоиерея И.Я. Богоявленского, «веровать – значит, признавать что-либо, чего ум не может понять и объяснить». При этом он убедительно доказывал, что вера в Бога не противоречит доводам разума. Говоря о процессе обретения веры, протоиерей И.Я. Богоявленский различал веру «умственную, или логическую» и «сердечную, или душевную». «Отрицательный» путь к вере, которым проходит ранее нерелигиозный человек в критический момент жизни (через «самоотрицание», переосмысление прежних своих взглядов), отличается от «положительного» пути, который есть путь «фактического и действительного исполнения учения и заповедей Христа». Однако «положительный» и «отрицательный» пути к вере существенно связаны между собой, и «сердечная вера есть действительно спасающая, хотя она начинается с логической, умственной». В работе также затрагивались вопросы толкования Божественных свойств, происхождения невидимого и видимого мира, излагались основы христианской антропологии.