В августе того же года с некоторой задержкой из-за внезапной тяжёлой болезни вступил в управление епархией. Инициировал восстановительные работы в разрушенных во время войны храмах, особое внимание уделял помощи Пюхтицкому в честь Успения Пресвятой Богородицы женскому монастырю. В связи с тяжёлым положением епархии добился её освобождения от обязательных денежных сборов на общецерковные нужды. Для кандидатов из Эстонии, принимающих после окончания обучения священнический сан, по настоянию Исидора было введено бесплатное обучение в духовных семинариях и академиях, а престарелым священнослужителям епархии выплаты пенсий осуществлялись за счёт средств Центрального пенсионного фонда РПЦ. Исидор подготовил несколько богословских работ, в том числе цикл статей, посвящённых происхождению, цели существования и свойствам христианской церкви (опубликованы в «Журнале Московской Патриархии» в 1955 г., уже после кончины Исидора). В статье «Православное учение о Церкви» обстоятельно показывается невозможность сохранения среди соблазнов мира чистоты христианской веры и нравственной жизни без сплочения верующих в общество, объединённое не только духом веры и любви, но и духом благодати Божьей: «Христианское общество, сохраняя в себе Духа Божия, Божественную благодать и имея внешнее устройство, должно сохранять чистоту истинной веры и правильное понимание Слова Божия; в этом обществе верующим должна подаваться благодать Божия для укрепления и поддержки их благочестивой жизни; это общество должно быть надлежащим и надёжным руководителем своих членов в их религиозно-нравственной жизни... Таким образом, Христианская Церковь есть Богом установленное, вполне соответствующее состоянию и потребности человеческой природы, совершенно необходимое средство спасения людей». В статье «Господь Иисус Христос – Основатель Церкви» Исидор разбирал вопрос о Божественном происхождении церкви Христовой, через которую и осуществляется единение верующих как между собой, так и со Христом, составляющее церковь как Тело Христово. В статье «Существенные свойства истинной Церкви» Исидор рассматривает изложенное в Символе веры определение церкви как Единой, Святой, Соборной и Апостольской. Касаясь вопроса о мнимом противоречии между единством церкви и самостоятельностью поместных церквей, Исидор замечает: «Единство обрядов и религиозной внешности имеет другой характер, нежели единство веры и учения христианского. Единство веры и догматов сопровождается характером их неизменности; обряды же могут быть изменяемы». Далее Исидор затрагивает вопрос о соответствии безгрешности церкви и наличия в ней слабых, грешных людей. «Святость и непорочность Церкви, – пишет Исидор, – находится во Христе в состоянии, так сказать, уже совершенном, а в членах Церкви, как земной, так и небесной, ещё в процессе достижения её; и этот процесс достигания святости бесконечен». Скоропостижная кончина Исидора не дала ему завершить начатые труды. Его отпевание 22 декабря 1949 г. возглавил Ленинградский митрополит Григорий (Чуков). Исидор был погребён на Александро-Невском кладбище Ленинграда рядом с могилой Таллиннского архиепископа Павла (Дмитровского).