Под «подобием Божиим» протоиерей И.Я. Богоявленский понимал в человеке, прежде всего, способность развивать данные ему положительные нравственные начала. Человек, по мнению автора, «есть существо не только разумное, но и нравственное». Протоиерей И.Я. Богоявленский имел намерения изъяснить весь Символ веры в последующих частях, но этот труд остался неоконченным. Во время оккупации Эстонии немецко-фашистскими войсками протоиерей И.Я. Богоявленский оказывал помощь советским военнопленным, за что был арестован и находился месяц в тюрьме в Таллинне. Помогал беженцам в лагерях для перемещённых лиц в Клооге, Пыллкюле, Палдиски и Вильянди (Эстония). Не поддержал Таллиннского митрополита Александра (Паулуса), заявившего о переходе в юрисдикцию Константинопольского патриархата; оставался в подчинении Патриаршего экзарха Прибалтики Виленского и Литовского митрополита Сергия (Воскресенского) и Нарвского епископа Павла (Дмитровского; с декабря 1942 г. – архиепископ). В мае 1944 г., после убийства митрополита Сергия, протоиерей И.Я. Богоявленский участвовал как представитель Таллиннской епархии в архиерейском совещании в Риге вместе с архиепископами Ковенским Даниилом (Юзвьюком), Нарвским Павлом и Рижским епископом Иоанном (Гарклавсом). Совещание отклонило предложение Львовского архиепископа Пантелеимона (Рудыка) о выдвижении своей кандидатуры для замещения поста экзарха. После освобождения Эстонии советскими войсками протоиерей И.Я. Богоявленский проводил среди населения патриотическую работу, участвовал в организации сбора средств в фонд помощи семьям фронтовиков. 6 марта 1945 г. подписал как председатель Нарвского епархиального совета Акт о воссоединении с Московским патриархатом русско-эстонского духовенства и мирян Эстонской епархии. С 1 сентября 1946 г. – ректор восстановленных Ленинградских духовной академии и духовной семинарии. Принимал активное участие в разработке учебной программы семинарии и академии, в основу которой была положена программа дореволюционных духовных учебных заведений. К началу учебного года было закончено оборудование домовой церкви Академии, освящённой 8 октября 1946 г. во имя апостола Иоанна Богослова, где начались ежедневные богослужения. В декабре того же года овдовел. 14 января 1947 г. награждён медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.». 12 мая 1947 г. Священный Синод РПЦ принял решение о назначении протоиерея И.Я. Богоявленского на вдовствующую Таллиннскую кафедру. 12 июня пострижен в монашество с именем Исидор в честь священномученика Исидора, пресвитера Юрьевского. Возведён в сан архимандрита. 21 июня состоялось наречение Исидора во епископа Таллиннского и Эстонского. 22 июня в Николо-Богоявленском соборе Ленинграда патриарх Алексий I возглавил архиерейскую хиротонию Исидора.