Приёму предшествовала тайная беседа архиерея с дьяком Иваном Тарасьевичем Грамотиным, во время которой Исаакия изложил своё поручение. Царю он поднёс принесённый с Афона крест со св. мощами и часть мощей великомученицы Варвары. 10 февраля его принял патриарх Филарет, которому Исаакий поднёс греческую книгу «Фикарис» – сборник Житий св. отцов. Во время беседы с князем Иваном Борисовичем Черкасским и дьяком И.Т. Грамотиным 14 января 1625 г. Исаакий заверял, «что у них та мысль крепка, что они все государьской милости ради и под государевою рукою быти хотят». Однако после беседы русские политики пришли к выводу, что на Украине почва для таких перемен не подготовлена, и Россия не может начать войну. За время пребывания в Москве Исаакий неоднократно получал «жалованье» от царя и патриарха. По его просьбе ему были выданы книги для монастыря (как полагают исследователи, Степанского): напрестольное Евангелие, Апостол, Октоих, Триоди Цветная и Постная, Служебник. По мнению И.З. Мыцко, при содействии Исаакия в Москву переселился бывший настоятель Дерманского монастыря игумен Рафаил (Жиморский). 11 марта 1627 г. Исаакий как епископ Луцкий и Острожский, строитель Степанского монастыря, фигурирует в документе о закреплении за ним в собственность всего движимого и недвижимого имущества обители, инвентарная опись которого была утверждена владельцем местности Степань князем А. Золотолинским. Степанский монастырь, по мнению исследователей, был резиденцией Исаакия на Волыни. В 1628 г. Исаакий присутствовал на собрании епископов, которое прошло в имении Киево-Печерского монастыря селе Гродек (ныне Городок Ровненской области), где разбиралась составленная архиепископом Мелетием (Смотрицким) записка о догматических различиях между православной и католической церквами, участвовал в Соборе в Киеве, где была осуждена написанная Мелетием «Апология путешествия на Восток». На Киевском Соборе 1629 г., где должен был рассматриваться вопрос о проведении общего с униатами Собора, Исаакий не был, но прислал в Киев письма, в которых предлагал не предпринимать никаких шагов без санкции сейма и Константинопольского патриарха. В сообщении об этих письмах Исаакий назван патриаршим экзархом. Незадолго до смерти митрополит Иов (Борецкий; ум. 2 марта 1631 г.) написал завещание, в котором назначил своими душеприказчиками архимандрита Киево-Печерского монастыря Петра (Могилу) и Исаакия. Как сообщил позднее в Москву брат митрополита Иова Андрей, Исаакий вместе с монахами Михайловского Златоверхого монастыря завладел имуществом покойного. Вскоре после смерти митрополита Иова его брат Порфирий был посажен в тюрьму, другой брат – Андрей утратил своё имущество. У Андрея хранились важные документы – грамоты восточных патриархов, призывавших войско Запорожское перейти под власть царя. Исаакий забрал грамоты и отдал Петру (Могиле), так что к казакам они не попали. Исаакий (Борискович) с Киевским митрополитом Исаией (Копинским) и титулярным Смоленским епископом Авраамием Греком (бывший епископ Стагонский и Метеорский) утвердили соглашения между архимандритом Петром (Могилой) и Киевским братством об объединении Могилянской и братской Богоявленской школ: 30 декабря 1631 г. был подписан акт об условиях объединения, 5 января 1632 г. – соглашение о процессе объединения.