В августе 1632 г. Исаакий (Борискович) и митрополит Исаия (Копинский) присутствовали на раде запорожских казаков в Черняховской Дубраве. Как и другие поставленные Иерусалимским патриархом Феофаном западнорусские епископы, Исаакий утратил кафедру после заключения в ноябре 1632 г. соглашений о легализации православных в Речи Посполитой. Исследователи полагают, что Исаакий (Борискович) жил в Киево-Печерском монастыре, в марте 1633 г. имел титул «епископ Луцкий и Острожский, на тот час строитель и наместник монастыря Печерского». Как представитель киевского духовенства Исаакий 30 декабря 1633 г. подписался под актом избрания Филофея (Кизаревича) игуменом киевского Пустынно-Николаевского монастыря. 3 декабря 1632 г. бывший Луцкий епископ участвовал в избрании Петра (Могилы) на Киевскую митрополичью кафедру, 28 апреля 1633 г. – в поставлении митрополита, совершённом во Львове. 20 марта 1633 г. Исаакий (Борискович) вместе с Петром (Могилой) заверил «акт элекции» (избрания) православного Перемышльского и Самборского епископа Сильвестра (Гулевича), поддержанного православной шляхтой Перемышльской земли. Исаакий принимал участие в Киевском Соборе 1640 г. На заседании 11 сентября обсуждал вместе с Петром (Могилой) вопрос, где находятся души праведных: в земном раю (как думал Исаакий) или на небе (как считал митрополит), после долгого спора решили узнать мнение Константинопольского патриарха. В конце жизни Исаакий (Борискович) находился в Межигорском в честь Преображения Господня монастыре под Вышгородом, где и скончался. И.З. Мыцко и Ярослав Дмитриевич Исаевич атрибутируют Исаакию анонимные записки о паломничестве на Святую землю «Се же путешествие (до) святого града Иерусалима, и Гроба Господня, и всех предел иерусалимских, и обоих пол Иордана и Помория». Автор посвятил свой труд Львовскому епископу Гедеону (Балабану), назвав его «милостивым господином» и «экзархом святейшаго престола». Как полагают исследователи, сочинение было написано между 1600 г., когда Исаакий находился на Святой земле, и 1607 г., когда умер епископ Гедеон. Сочинение начинается с описания иерусалимских святынь, затем следуют краткие повествования о реке Иордан, Вифлееме, лавре св. Саввы Освященного, Мамврийском дубе и об Эммаусе. Автор ничего не сообщает о себе и своих спутниках. Пётр Михайлович Кралюк высказал мнение, что Исаакий был причастен к составлению сборника «Советование о благочестии». В его состав вошли документы, связанные с состоявшимся в 1621 г. по благословению Киевского митрополита Иова (Борецкого) при вероятном участии Исаакия Собором православного духовенства и дворянства Волынского воеводства. Составителями сборника могли быть члены луцкого Крестовоздвиженского православного братства, в архиве которого документ был обнаружен. Многие соборные рекомендации носят следы влияния сочинений Иоанна (Вишенского), с которым, как и с Иовом (Княгиницким), Исаакий поддерживал контакты. Одно из постановлений Собора предписывает пригласить с Афона в Западнорусскую митрополию «преподобных мужей россов, межи иными блаженных Киприяна и Иоанна пореклом Вишенского, и прочих тамо обретающихся, в житии и богословии цвитущих». По мнению исследователей, это постановление связано с Исаакием, который долго жил на Афоне и знал местных русских насельников.