В одной из редакций Жития сообщается, что тело Иоанна было переложено из деревянного гроба в каменный. Во время погребения Иоанна поднялась буря, в храме опалились иконы, ризничий Рязанского архиерея был убит молнией в алтаре, покровского диакона Пимена вынесли во двор едва живым, и он успел лишь покаяться перед кончиной, священника Иоанна из коломенского поместья Фёдора Никитича Романова (см. Филарет, патриарх Московский и всея Руси) бурей подняло над церковными дверьми и ударило о землю, многие люди были оглушены, лишились рук и ног. В сказании о погребении Иоанна суровая небесная кара объясняется тем, что блаженного похоронили раньше назначенного срока (т.е., вероятно, 4 или 5 июля), сняв с него «пояс его, который взят был во Иерусалиме от Гроба Господня» (в жизнеописании Иоанна этот пояс не упоминается). Рассказ о чудесном знамении при погребении Иоанна совпадает с рассказом Жития блаженного Иоанна Власатого, при погребении которого разразилась буря, и произошло «пожжение церквам и храминам». Автор сказания о погребении Иоанна проводит параллель также с событиями кончины блаженного Прокопия Устюжского. У могилы Иоанна сразу же начались исцеления. 20 июля 1589 г. (или 20 июня 1590 г.) от глазной болезни избавилась москвичка Анна Лукьяновна. Во второй редакции Жития сохранилось сообщение о грамоте, присланной в 1590 г. Трифоном, игуменом Николаевского монастыря в Орешке, протоиерею Покровского собора Димитрию, в которой игумен Трифон сообщил, что после исцеления сына боярского Бориса Петровича Благово (отмечен в боярском списке 1588/1589 г. как наместник в Орешке) игумен Трифон отслужил по Иоанну панихиду. Гробница Иоанна пользовалась большим почитанием у жителей Москвы. В XIX в. с правой стороны у входа в Покровский собор на стене под стеклом было помещено Житие Иоанна с описанием 17 чудес: сын боярский Тарас Сунгуров-Плохов и слуга Дмитрия Ивановича Годунова Михаил Петрович избавились от «недуга чёрного», по молитвам к Иоанну прошла глухота повара князя Василия Михайловича Лобанова-Ростовского Фёдора Семёновича, прозрела москвичка, жена денежного мастера Ксения, не видевшая семь лет. Служба Иоанну была составлена в правление царя Фёдора Ивановича (до 1598 г.). Списки службы исследователи делят на три группы. Полный текст представлен в списках Исторического музея (XVI в.), Российской государственной библиотеки (XVII в., Исторического музея (1714 г.). Ко второй группе исследователи относят списки, в которых служба Иоанну помещена после великой вечерни: Российская национальная библиотека (XVIII в.). В третью группу входят списки, содержащие несколько тропарей и кондак святому: Российская государственная библиотека (1604 г.), Исторический музей (XVIII в.). Под 3 июля 1589 г. «успение святого блаженнаго Ивана, иже Христа ради уродиваго, Ростовьскаго и Московьскаго новаго чюдотворца» отмечено в Коряжемских святцах (Российская государственная библиотека, 1621 г.). В Месяцеслове Симона (Азарьина) кончина святого указана под 13 июля 1589 г. (Российская государственная библиотека, середина 1650 гг.).