Со своими подчинёнными «был добр, ласков, приветлив, снисходителен и не формалист», хотя к старости в нём наметилась некоторая апатия. Формальное судопроизводство он обычно заменял различными «внушениями» провинившимся, которые называли «архиерейским судом». По субботам, когда в консистории не было присутствия, вместе с её членами и секретарём Иоанн обсуждал текущие проблемы, тем ускоряя делопроизводство и устраняя возможные разногласия. Имел репутацию бессребреника, тайно помогал бедным, в том числе воспитанникам духовного училища. Современники отмечали постоянную готовность Иоанна отдать нуждающимся последнее, вплоть до того, что он из-за этого сам брал в долг: «Сострадательный, милосердный был, нищелюбец до самозабвения; сам не имеет, одолжит у другого, а просящему подаст, но не откажет; или когда знает за человеком нужду, навяжет нуждающемуся пособие даже против воли». Особо любил раздавать пожертвования в канун Пасхи, Рождества и 26 сентября (день ангела Иоанна). В эпоху реформ императора Александра II в рамках подготовки нового «Положения об управлении Донским войском», определявшего «отношение войскового начальства к духовной части», Иоанн создал комиссию для составления проекта закона о духовенстве епархии. Главный недостаток в положении донского клира комиссия усматривала в «унизительном и непонятном ни для прихожан, ни для самих служителей церкви неравенстве в правах духовенства казачьего и иногороднего происхождения». Отмечена была и удручающая бедность всего духовенства края. В проекте предлагалось уравнять в правах духовенство епархии, распространив на него действие общероссийских законов, наделить все причты землёй на постоянной основе с установкой межевых знаков. Однако проект, направленный Иоанном в 1866 г. в Синод, из-за противодействия войсковой администрации не был реализован. Заботился о духовном образовании, возобновил духовное училище в Новочеркасске. Составил подробную записку на имя обер-прокурора Синода, в которой содержались «соображения по поводу открытия семинарии в Новочеркасске». Однако проект Иоанна не нашёл поддержки в Синоде. Состоял вице-президентом местного Попечительного о тюрьмах общества. В августе 1856 г. за труды по оказанию помощи заключённым ему было изъявлено «Высочайшее благоволение». По инициативе Иоанна и наказного атамана Михаила Григорьевича Хомутова на городском Димитриевском кладбище в 1857–1864 гг. на войсковые средства была сооружена новая, каменная церковь во имя Димитрия Солунского (ныне действующая). 18 апреля 1851 г. Иоанн был вызван в Санкт-Петербург для присутствия в Синоде, пробыл в нём один год. С 1864 г. – почётный член Свято-Владимирского братства при Киево-Софийском кафедральном соборе. Награждён орденами св. Анны второй и первой степени (4 сентября 1826 г. и 21 апреля 1835 г.), св. князя Владимира третьей степени (21 сентября 1829 г.), св. князя Владимира большого креста (30 марта 1852 г.). В марте 1867 г. уволен на покой с проживанием в Кременецком в честь Вознесения Господня монастыре с пенсией 1,5 тыс. руб. серебром в год. Средств Иоанн не накопил и был вынужден продать ряд вещей и занять денег, чтобы переехать из Новочеркасска в монастырь.