Согласно высочайшему указу от 10 мая 1831 г. о «разборе» духовенства, многие бывшие клирики оказались на военной службе. Иоанн предоставлял средства к содержанию в училищах их детей. В голодные годы организовал подписку в пользу бедных учеников духовных училищ, обеспечивал нуждающихся жильём и питанием в Казанском монастыре. 31 января 1832 г. в связи с переводом епископа Афанасия (Протопопова) в Тобольскую епархию Иоанн возглавил Нижегородскую и Арзамасскую епархию. Уже 23 марта того же года Иоанн был переведён в Саратовскую епархию, однако 19 августа 1835 г. возвращён в Нижний Новгород. 19 марта 1835 г. и 5 сентября 1836 г. Комиссией духовных училищ Иоанну были объявлены благодарности за пожертвование значительного количества книг на различных языках, преимущественно богословского содержания, в пользу библиотеки Пензенской духовной семинарии. 19 июня 1836 г. также за пожертвования книг Иоанн удостоился благодарности ректора Казанского университета. С 3 февраля 1836 г. – член-корреспондент Статистического отделения Совета Министерства внутренних дел. Содействовал исследовательским начинаниям иеромонаха Макария (Миролюбова) по изучению библиотек, архивов губернских и уездных духовных учреждений, монастырей и церквей Нижегородской земли. По инициативе Иоанна в нижегородском в честь Благовещения Пресвятой Богородицы монастыре были перестроены келейные и другие здания, за оградой сооружена каменная часовня во имя Алексия «в древнем стиле» на предполагаемом месте остановки святителя при возвращении из Орды. 21 августа 1840 г. Иоанн освятил в Благовещенской обители Андреевскую церковь. При нём в Нижнем Новгороде был обновлён и благоукрашен Рождественский (Строгановский) храм (первая половина XVIII в.), при Вознесенской церкви (первая половина XVIII в.) в 1845 г. открыт детский приют. В Троицкой церкви соборного комплекса села Павлова Горбатовского уезда хранилось Евангелие с надписью Иоанна, датированной 27 сентября 1836 г. Иоанн поддерживал Дивеевские общины, способствовал ускорению решения об официальном утверждении обители и приобретении ею земель. Также по ходатайству Иоанна 9 мая 1842 г. была официально учреждена Ардатовская община, впоследствии ардатовский в честь Покрова Пресвятой Богородицы монастырь. Иоанн находился в сложных отношениях с нижегородским губернатором Михаилом Петровичем Бутурлиным, который жаловался на епископа царю и обер-прокурору Святейшего Синода Николаю Александровичу Протасову. 13 января 1847 г. Иоанн был переведён в Донскую епархию, возведён в сан архиепископа. По свидетельству современников, предпочитал управлять епархией из архиерейского дома, ни разу не выезжал на места. За отказ обозревать епархию многие осуждали епископа. Однако Иоанн считал архиерейские поездки по епархии бесполезными и даже вредными, т.к. «они вынуждают духовенство к большим расходам», не представляя архиерею объективной картины: к приезду архиерея обычно устанавливался лишь «внешний» порядок. К тому же прекрасная память позволяла Иоанну иметь обширные сведения о донском духовенстве.