С 14 ноября 1824 г. – ректор Санкт-Петербургской духовной семинарии, профессор богословских наук, с 25 (по другим сведениям, с 14) ноября того же года – настоятель Ферапонтова Лужецкого монастыря. С 30 ноября того же года – член Санкт-Петербургской духовной консистории. 8 января 1825 г. определён благочинным преподавателей Закона Божия в кадетских корпусах и других учебных заведениях столицы. 25 февраля 1825 г. защитил докторскую диссертацию по герменевтике на латинском языке «Delineatio hermeneuticae sacrae, ad usum studiororum sacrae scripturae accomodata» («Священная герменевтика», СПб., 1828 г.), 12 марта стал обладателем учёной степени доктора богословия, что было достаточно редким явлением в России 1820 гг. Труд Иоанна в течение многих лет служил учебником по дисциплине «толкование Священного Писания» в духовных академиях и семинариях. 30 января 1826 г. Комиссия духовных училищ при Синоде назначила Иоанна ректором Санкт-Петербургской духовной академии и профессором богословских наук. 4 июня 1826 г. Санкт-Петербургский митрополит Серафим (Глаголевский) объявил Иоанну благодарность за пожертвование им книг для семинарии и Александро-Невское духовное училище. 6 июля Иоанн был утверждён в должности члена Санкт-Петербургской синодальной конторы. 14 января 1829 г. стал настоятелем пинского Братского в честь Богоявления монастыря Минской епархии. 5 августа 1830 г. Иоанн был назначен, а 17 августа в столичном Казанском соборе Санкт-Петербургским митрополитом Серафимом хиротонисан во епископа Пензенского и Саранского. 23 августа 1830 г. удостоен полного архиерейского облачения из Кабинета Его Императорского Величества. Зарекомендовал себя деятельным, энергичным и требовательным по отношению к приходскому духовенству архиереем. В первую очередь, Иоанн обратил внимание на скудость образования местного духовенства. Всех церковно- и священнослужителей обязал отдавать своих сыновей в духовные учебные заведения. И «малоучёные» клирики, и ставленники перед рукоположением должны были сдавать экзамены в консистории, благочинному или самому архиерею по чтению, письму и пению, катехизису, церковной истории и уставу. Но обременённое житейскими заботами духовенство, особенно во время трёхлетнего неурожая и голода (1831–1833 гг.), не имело возможности повышать образовательный уровень. Исключённые училищные воспитанники с 1831 г. отправлялись на монастырские послушания и в учреждения духовного ведомства для бесплатного исполнения обязанностей служителей и сторожей. Иоанн штрафовал, а затем отрешал от должности нерадивых клириков, «неучей и недоучек», отправлял «за невежество в предметах» за штат или добивался их исключения из духовного звания. Характерна его резолюция: «Пусть в других сословиях ищет способов для своего прокормления. Грех держать при церкви негодных и ленивых причётников!». В результате в епархии увеличилось число заштатных клириков (к 1831 г. 286 человек: 72 заштатных священника, 50 диаконов, 164 причётника), а также исключённых из духовного звания.